Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema
Cíle projektu
Rod Treponema zahrnuje řadu lidských patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum,TPA), yaws (T. pallidum ssp. pertenue, TPE), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Plánovaný projekt má dva základní cíle zahrnující genomové sekvencování řady vybraných kmenů treponem a sekvenční analýzu transkriptomů několika patogenních kmenů. Bude sekvencováno nejméně 10 kmenů treponem, a to na úroveň vysoce kvalitní kompletní genomové sekvence. Tyto sekvence budou použity pro definici minimálního počtu genetických změn odlišujících zástupce poddruhů pallidum a pertenue. Budou sekvencovány také kmeny izolované z klinického materiálu a kmen způsobující syfilis zajíců, T. paraluisleporis. Sekvenační metody budou použity také pro analýzu transkriptomů nejméně 6 treponemálních kmenů způsobujících syfilis a yaws. Treponemální promotory budou identifikovány pomocí reporterového plasmidu s luxCDABE geny.
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Hlavní účastníci
Masarykova univerzita / Lékařská fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P302-12-0574
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Whole genome sequencing in genome and transcriptome analyses of Treponema pathogens
Anotace anglicky
The genus Treponema comprises several human uncultivable pathogenic species and subspecies including causative agent of syphilis (T. pallidum ssp. pallidum,TPA), yaws (T. pallidum ssp. pertenue, TPE), endemic syphilis (T. pallidum ssp. endemicum) and pinta (T. carateum). There are two specific aims of the submitted project including i) genomic sequencing of treponemal strains and ii) sequencing analyses of transcriptomes and identification of T. pallidum promoters. At least 10 pathogenic treponemes will be sequenced to obtain high quality genome sequences. These sequences will be used to define a minimal list of genetic changes involved in differences between pallidum and pertenue treponemes. In addition, TPA strains isolated from human clinical material will be sequenced as well as strain causing hare infections, T. paraluisleporis. Sequencing methods will be used also for transriptome analysis of at least 6 treponemal strains including syphilis- and yaws-causing treponemes. For identification of treponemal promoters, a luxCDABE-based reporter plasmid will be used.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EE - Mikrobiologie, virologie
CEP - vedlejší obor
FN - Epidemiologie, infekční nemoci a klinická imunologie
CEP - další vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30302 - Epidemiology
30303 - Infectious Diseases
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Výsledky projektu přispívají k poznání genetické podstaty příbuznosti a variability kmenů, které způsobují onemocnění syfilis, yaws a bejel. Charakteristika výsledků je adekvátní, měly být vypuštěny 3 články, které nemají dedikaci projektu. Možné využití výsledků pro přípravu vakcíny proti syfilis a zlepšení diagnostiky syfilis, yaws a bejel. 16 publikací v prestižních časopisech.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2012
Ukončení řešení
31. 12. 2016
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
5. 4. 2016
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Datum dodání záznamu
28. 6. 2017
Finance
Celkové uznané náklady
10 673 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
10 673 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
10 673 tis. Kč
Statní podpora
10 673 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EE - Mikrobiologie, virologie
Doba řešení
01. 01. 2012 - 31. 12. 2016