Strukturní podstata ukončení transkripce nezávislé na poly(A) signálu

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P305-10-1490

Název projektu anglicky

Structural basis for poly(A) independent transcription termination pathway

Anotace anglicky

Eukaryotes possess two different types of transcription termination mechanism for RNA polymerase II. In the first one, known as the poly(A) signal-dependent mRNA pathway, a large multiprotein complex is required to recognize the poly(A) signal in the nascent transcript. The second one, known as poly(A) independent pathway, used at a subset of sn/snoRNAs, and a class of intergenic and anti-sense RNAs, requires the Nrd1 and Nab3 proteins. In this mechanism, RNA polymerase II carboxy-terminal domain (CTD)phosphorylated at Ser5 recruits Nrd1 by binding to its CTD-interacting domain (CID). In addition, a sequence-specific RNA binding of both Nrd1 and Nab3 is critical for this termination pathway. Here, we propose to determine the following structures (i) Nrd1 CID bound to Ser5-phosphorylated CTD, (ii) RNA-binding domains of Nrd1 and Nab3 in free form and in complex with RNAs,  (iii) minimal Nrd1-Nab3 heterodimer alone and in complex with RNA. These structures will help to explain poorly understood mechanism of the poly(A) independent transcription termination.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

CE - Biochemie

CEP - další vedlejší obor

BO - Biofyzika

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt významně přispěl k pokroku poznání strukturně-funkčních vztahů proteinových komplexů eukaryotního transkripčního aparátu. Výsledky byly nadstandardně publikačně zhodnoceny.

Zahájení řešení

1. 1. 2010

Ukončení řešení

31. 12. 2014

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

18. 4. 2014

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP15-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

22. 5. 2015

Celkové uznané náklady

11 935 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

11 935 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč