Strukturní podstata ukončení transkripce nezávislé na poly(A) signálu
Cíle projektu
V eukaryotech existují dva různé mechanismy ukončení transkripce pro RNA polymerázu II: mechanismus závislý a nezávislý na poly(A) signálu. V mechanismu závislém na poly(A) signálu hraje klíčovou úlohu mnohoproteinový komplex, který rozpoznává poly(A) signál ve vznikajícím transkriptu. V mechanismu nezávislém na poly(A) signálu, který je využíván při tvorbě malých jaderných či jadérkových RNA a mezigenových či "anti-sense" RNA, hraje klíčovou úlohu proteinový komplex Nrd1-Nab3. Při tomto mechanismu, CTD doména RNA polymerázy II (fosforylovaná na serinu č.5), přitáhne protein Nrd1 skrze její CID doménu. Komplex proteinů Nrd1-Nab3 dále váže specifické sekvenční motivy RNA ve vznikajícím transkriptu. Navrhujeme určit náledující struktury (i) Protein Nrd1 CID v komplexu s fosforylovanou CTD RNA polymerázy II (ii) RNA vázající domény Nrd1 and Nab3 ve volné a vázané formě s RNA (iii) minimální komplex proteinů Nrd1-Nab3 ve volné a vázané formě s RNA. S pomocí těchto struktur dokážeme lépe pochopit doposud málo objasněný mechanismus ukončení transkripce nezaložený na poly(A) signálu.
Klíčová slova
StructureNMRtranscriptionterminationprotein-RNAinteractionprotein-proteininteractionphosphorylation
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P305-10-1490
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Structural basis for poly(A) independent transcription termination pathway
Anotace anglicky
Eukaryotes possess two different types of transcription termination mechanism for RNA polymerase II. In the first one, known as the poly(A) signal-dependent mRNA pathway, a large multiprotein complex is required to recognize the poly(A) signal in the nascent transcript. The second one, known as poly(A) independent pathway, used at a subset of sn/snoRNAs, and a class of intergenic and anti-sense RNAs, requires the Nrd1 and Nab3 proteins. In this mechanism, RNA polymerase II carboxy-terminal domain (CTD)phosphorylated at Ser5 recruits Nrd1 by binding to its CTD-interacting domain (CID). In addition, a sequence-specific RNA binding of both Nrd1 and Nab3 is critical for this termination pathway. Here, we propose to determine the following structures (i) Nrd1 CID bound to Ser5-phosphorylated CTD, (ii) RNA-binding domains of Nrd1 and Nab3 in free form and in complex with RNAs, (iii) minimal Nrd1-Nab3 heterodimer alone and in complex with RNA. These structures will help to explain poorly understood mechanism of the poly(A) independent transcription termination.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
CE - Biochemie
CEP - další vedlejší obor
BO - Biofyzika
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10610 - Biophysics
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt významně přispěl k pokroku poznání strukturně-funkčních vztahů proteinových komplexů eukaryotního transkripčního aparátu. Výsledky byly nadstandardně publikačně zhodnoceny.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2010
Ukončení řešení
31. 12. 2014
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
18. 4. 2014
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP15-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
22. 5. 2015
Finance
Celkové uznané náklady
11 935 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
11 935 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
11 935 tis. Kč
Statní podpora
11 935 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2010 - 31. 12. 2014