Změní orchideje náš pohled na celogenomové procesy? Komplexní studium hyporeduplikace

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)

Hlavní účastníci

Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích / Fakulta zemědělská a technologická<br>Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta<br>Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P506-12-1320

Název projektu anglicky

Will orchids reshape our understanding of genome-wide processes? Solving the enigma of progressively partial endoreduplication

Anotace anglicky

The project aims at investigating the phenomenon of progressively partial endoreduplication (PPE) that has recently been discovered in the genome of some orchids. Whereas both the generative and somatic polyploidy have been intensively researched, nothing is known about the patterns and processes behind the PPE. With the aid of advanced molecular cytogenetic techniques (flow cytometry and sorting, Illumina next-generation sequencing, FISH), we will address the incidence of PPE across the family Orchidaceae and search for correlations with phylogeny and species traits. Ludisia discolor, a taxon with a small genome size and ca 50% PPE, will serve as a model system to elucidate differences in sequence composition between normal (2C) and partially reduplicated genomes. To localize structural changes in the genome and assess their phylogenetic stability, repetitive elements showing different quantities will be mapped to interphase nuclei and somatic chromosomes of Ludisia and related species. The results will provide a new level of understanding of genome-wide processes in eukaryotes.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EF - Botanika

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt shromáždil množství dat o velikosti genomu rostlin čeledi Orchidacaea a přinesl nové poznatky o fylogenetickém rozšíření fenoménu hyporeduplikace genomu v této skupině rostlin, včetně nových informací o průběhu tohoto procesu. Zjevný je rovněž metodologický přínos. Tři články byly publikovány a další jsou přes určité zpoždění na cestě.

Zahájení řešení

1. 1. 2012

Ukončení řešení

31. 12. 2015

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 5. 2015

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP16-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

25. 9. 2017

Celkové uznané náklady

14 221 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

14 221 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč