Studium vlivu endogenních virů na biologii hostitele: kombinovaná výpočetní a experimentální strategie

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Mezinárodní grantové projekty hodnocené na principu LEAD Agency

Veřejná soutěž

—

Hlavní účastníci

Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

M2 - Mezinárodní spolupráce

Číslo smlouvy

22-41060L

Název projektu anglicky

Understanding the impact of endogenous viruses on host biology: a combined computational and experimental strategy

Anotace anglicky

The main goal of the project is to shed light on the impact of endogenous viruses (ERVs) on the host biology using a combined computational and experimental strategy. We will use the comprehensive HERVd database to identify functionally relevant ERVs by three alternative approaches. First, we will apply neutrality tests to search for human ERVs which are under positive or negative selection pressure based on the variation data across many human populations. Second, we will use data on antigen presentation to find ERV loci that are under negative immune selection of thymocytes. Third, we will apply comparative genomics approaches to search for conserved ERV loci among different species. Candidate ERV loci identified by these multifarious bioinformatics approaches will be transcriptionally activated and repressed using the CRISPRi/a technology. By RNA-Seq analyses we will identify affected genes and molecular networks. The identified candidate genes will be modulated by CRISPR in pluripotent stem cells and their functional role will be investigated by molecular biological techniques.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology

OECD FORD - vedlejší obor

10607 - Virology

OECD FORD - další vedlejší obor

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EA - Morfologické obory a cytologie<br>EB - Genetika a molekulární biologie<br>EE - Mikrobiologie, virologie

Zahájení řešení

1. 7. 2022

Ukončení řešení

31. 12. 2025

Poslední stav řešení

K - Končící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

3. 7. 2024

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP25-GA0-GF-R

Datum dodání záznamu

14. 3. 2025

Celkové uznané náklady

3 636 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 636 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč