Klasifikace miRNA vazebných míst nezávisle na „seed” oblasti

Název projektu anglicky
Seed-agnostic miRNA binding site classification
Anotace anglicky
Argonaute (Ago) proteins use miRNAs as driver sequences to bind specific RNAs in order to regulate their levels and translation. Novel sequencing techniques (CLIP-Seq) allow for the transcriptome-wide identification of miRNA binding sites, but cannot identify the responsible miRNAs. Heuristics based on canonical ‘seed’ sequence are routinely employed to this end. Discovery of chimeric reads (miRNA-target hybrids) show ~60% non canonical binding. Here, we propose the production of deep chimeric-enriched libraries using the CLASH technique, for two Ago proteins (Ago1 and Ago2). We will use a modified chimeric read identification method to produce a high quality training dataset of miRNA-target site pairs. We will train a Deep Learning model to classify binding sites to their corresponding miRNAs unbiased of canonical seed. Finally, we will explore the similarities and differences of miRNA binding when loaded on Ago1 versus Ago2 proteins, as well as the universal characteristics of miRNA binding.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
CE - Biochemie<br>EB - Genetika a molekulární biologie

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP22-GA0-GJ-R
Datum dodání záznamu
21. 2. 2022

Podobné projekty(10)