Molekulárně-dynamické simulace modifikovaných nukleových kyselin - potenciálních chemoterapeutik
Cíle projektu
Projekt je zaměřen na studium vlivu chemické modifikace na strukturní a hybridizační vlastnosti syntetických analog nukleových kyselin. Hlavní pozornost bude věnována nalezení optimální modifikace vedoucí ke stabilizaci dvojšroubovicovitých atrojšroubovicovitých struktur prostřednictvím intervláknové interakce. Tento postdoktorandský projekt je přidružen k nosnému projektu v jehož rámci jsou připravována enzymaticky stabilní fosfonátová analoga nukleových kyselin. Nukleové kyseliny sezvýšenými schopnostmi hybridizace a stability vůči nukleázám jsou zajímavé z hlediska jejich využití jako potenciálních chemoterapeutik fungujících prostřednictvím "antisense" mechanismu (modifikované vlákno nukleové kyseliny se váže ke specifickésekvenci nukleotidů v mRNAa inhibuje tak tvorbu nějakého specifického proteinu). Metoda řešení bude založena na molekulárně-dynamických simulacích, které dovolují simulace při nenulové teplotě (typicky 300 K) s atomární reprezentací roztoku a iontů.
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Postdoktorandské granty
Veřejná soutěž
Postdoktorandské granty 2 (SGA02002GA-PD)
Hlavní účastníci
Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Molecular Dynamics Simulations of Modified Nucleic Acids - Potential Chemoterapeutics
Anotace anglicky
The grant project is devoted to the study on the impact of chemical modifications on structural and hybridization properties of synthetic analogues of nucleic acids. Main attention will be paid to finding of an optimal modification leading to thestabilization of double and triple helical structures by means of inter-strand interaction. This post-doc project is attached to the main project within the framework of which the enzymatic stable phosphonate nucleotide analogues will be prepared.Nucleic acids with improved hybridization and enzymatic stability properties are interesting from the point of view of potential chemotherapeutic utilization by means of "antisense" mechanism (modified nucleic acid strand bind to a specific sequence ofnucleotides in its mRNA target to inhibit production of the specific protein). The theoretical approach will be based on molecular dynamics (MD) technique, which allows simulations at non-zero temperature (typically 300 K), with atomic representation of
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
BG - Jaderná, atomová a molekulová fyzika, urychlovače
CEP - vedlejší obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - další vedlejší obor
CD - Makromolekulární chemie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10304 - Nuclear physics
10403 - Physical chemistry
10404 - Polymer science
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Molekulárně-dynamické simulace zodpověděly otázku, jakým způsobem mohou skupiny atomů s kladným nábojem stabilizovat dvojšroubovicovité a trojšroubovicovité struktury nukleových kyselin sestávající z přirozených či a-anomerických vláken nukleových kyseli
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2002
Ukončení řešení
1. 1. 2005
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP06-GA0-GP-U/06:6
Datum dodání záznamu
19. 5. 2008
Finance
Celkové uznané náklady
1 329 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
693 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
636 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
1 329 tis. Kč
Statní podpora
693 tis. Kč
52%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
BG - Jaderná, atomová a molekulová fyzika, urychlovače
Doba řešení
01. 01. 2002 - 01. 01. 2005