Studium proteinů kyslík vyvíjejících komplexů fotosystému II metodami molekulárního modelování a vibrační spektroskopie
Cíle projektu
V tomto projektu bude využito spojení homologního a energetického modelování s vibrační spektroskopií k určení struktury některých proteinů komplexu vyvíjejícího kyslík vázaného na fotosystém II vyšších rostlin, řas a sinic. Bude provedeno strukturní a sekvenční porovnání jednotlivých proteinů kyslík vyvíjejícího komplexu k získání podkladů pro homologní modelování. Budou navrženy trojrozměrné modely bílkovin kyslík vyvíjejícího komplexu. Během procesu modelování budou využity metody vibrační spektroskopie k získání detailní informace o sekundární struktuře a prostorovém uspořádání a interakci jednotlivých aromatických zbytků. Tyto údaje budou sloužit jako zpětná vazba při tvorbě trojrozměrných modelů. Pro měření metodami vibrační spektroskopie budou izolovány proteiny kyslík vyvíjejícího komplexu a optimalizovány izolační postupy. Získané modely budou sloužit k rozpoznání interakčních ploch a budou využity k fitování do elektronmikroskopických obrazů celého komplexu fotosystému
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Postdoktorandské granty
Veřejná soutěž
Postdoktorandské granty 4 (SGA02003GA2PD)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Proteins of oxygen evolving complexes of Photosystem II studied by means of molecular modelling
Anotace anglicky
In this project a combination of homology and energetic modelling with vibrational spectroscopy will be used for the determination of the structure of several proteins of the oxygen evolving complex bound to photosystem II of higher plants, algae and cyanobacteria. Structural and sequence alignment of the individual proteins of the oxygen evolving complex will be performed to get a basis for homology modelling. Three-dimensional models of oxygen evolving complex proteins will be suggested. During thecourse of modelling, methods of vibrational spectroscopy will be used to get more detailed information about the secondary structure content and the spatial arrangement and interactions of individual acromatic residues. These data will serve as a feedback for the generation of three-dimensional models. For the purpose of vibrational spectroscopy proteins of the oxygen evolving complex will be isolated and isolation protocols will be optimized. Thus, gained models will serve for the detection of
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CE - Biochemie
CEP - vedlejší obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - další vedlejší obor
ED - Fyziologie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10403 - Physical chemistry
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30105 - Physiology (including cytology)
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Strukturní a sekvenční porovnání proteinů OEC dosavadních známých primárních struktur proteinů z proteinové databáze s jednotlivými proteiny OEC z různých organismů (vyšší rostliny, řasy, sinice) bylo prováděno k určení příbuznosti proteinů mezi jednotli
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2003
Ukončení řešení
1. 1. 2006
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP07-GA0-GP-U/03:2
Datum dodání záznamu
16. 10. 2007
Finance
Celkové uznané náklady
1 271 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
596 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
900 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
1 271 tis. Kč
Statní podpora
596 tis. Kč
46%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CE - Biochemie
Doba řešení
01. 01. 2003 - 01. 01. 2006