Studium repetitivních sekvencí u hrachu setého (Pisum sativum L.)
Cíle projektu
Cílem projektu je izolace nových repetitivních elementů z genomu hrachu (Pisum sativum L.) a jejich detailní charakteristika. Tyto elementy budou vyhledávány na základě hybridizace fágové knihovny se sondami připravenými z repetitivních sekvencízískanýchběhem předběžných experimentů v laboratoři garanta. Tyto sekvence byly izolovány jako nejčetnější v genomu hrachu (vyskytují se v řádu 1000 -10000 kopií na haploidní genom) a představují pravděpodobně části zcela nových repetitivních elementů.Molekulární a cytogenetická analýza kompletních sekvencí těchto elementů přinese cenné informace o složení a organizaci genomu hrachu. Kromě toho, sledování jejich výskytu u dalších druhů z čeledi Fabaceae rozšíří naše znalosti o příbuznosti těchtodruhů. Získané repetitivní sekvence bude také možné využít pro genetické mapování.
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Postdoktorandské granty
Veřejná soutěž
Postdoktorandské granty 2 (SGA02002GA-PD)
Hlavní účastníci
Ústav molekulární biologie rostlin AV ČR
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
A study of repetitive sequences in pea (Pisum sativum L.)
Anotace anglicky
A study of repetitive sequences in pea (Pisum sativum L.) The aim of this project is an isolation of full-length clones of new repetitive elements from the genome of pea (Pisum sativum L.) and their thorough analysis. These clones will be retrieved fromphage pea genomic library using probes prepared from repetitive sequences isolated during our preliminary experiments in the laboratory of my supervisor. The sequences represent the most abundant repeats in pea with copy numbers between 1000 - 10000 perhaploid genome. Molecular and cytogenetic analysis of complete sequences of these elements will provide valuable information about composition and organisation of the pea genome. In addition, monitoring of their occurrence in other Fabaceae species willincrease our knowledge about evolutionary relationships within this family. Newly isolated repetitive sequences will also be potentially applicable for genetic mapping.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
GE - Šlechtění rostlin
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
40105 - Horticulture, viticulture
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Cílem projektu bylo nalézt a charakterizovat kompletní sekvence repetitivních elementů k vybraným neúplným sekvencím, které byly popsány v genomu hrachu dříve. Charakterizovali jsme dvě nové rodiny LTR retrotranspozónů. První rodina, nazvaná Ogre, má něk
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2002
Ukončení řešení
1. 1. 2004
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP/2005/GA0/GA05GP/U/N/A:8
Datum dodání záznamu
23. 7. 2008
Finance
Celkové uznané náklady
1 026 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
672 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
354 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
1 026 tis. Kč
Statní podpora
672 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2002 - 01. 01. 2004