Fyzické mapování genomu Xenopus tropicalis.
Cíle projektu
Xenopus tropicalis, významný modelový organismus z pohledu studia embryologie, je v současné době stále více používán i pro výzkum funkční genomiky. V navrhovaném projektu bude dokončena cytogenetická lokalizace 26 rozsáhlých scaffoldů z prvních dvou set, u kterých dosud nebyla určena pozice v genetické mapě X. tropicalis. Následující metody by pak umožnily doplnění chromozomální lokalizace až u 500 scaffoldů. Další úkol projektu tedy směřuje k vývoji rychlé metody umožňující hromadnou lokalizaci genů aBAC klonů do chromozomů. První přístup povede přes amplifikáty celkové DNA z chromozomů získaných mikrodisekcí, po nichž bude následovat PCR anebo hybridizace. Druhý přístup je založený na přípravě buněčných linií myši obsahující xenochromozom. Po fúzibuněčné populace X. tropicalis nesoucí neomycinovou rezistenci s myší myelomovou linií, bude DNA z hybridních linií použita jako zdroj sekvencí pro další analýzy. Výsledky usnadní identifikaci mutovaných genů, dají možnost studovat evoluci genomu obratlovců a umožní dokončení sekvenování a resekvenování genomu X. tropicalis.
Klíčová slova
XenopustropicaliscytogeneticslocalizationFISHchromosomemutation
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Postdoktorandské granty
Veřejná soutěž
Postdoktorandské granty 11 (SGA02011GA1PD)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P502-11-P522
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Physical mapping of Xenopus tropicalis genome.
Anotace anglicky
Xenopus tropicalis, one of the leading organisms in embryology, is recently used for research in functional genomics. This project proposes to finish cytogenetic localization of 26 large scaffolds from the first two hundred ones with undetermined position in X. tropicalis genetic map. Other methods will allow completion of chromosomal localization up to 500 scaffolds. The next objective of the project heads for development of fast method enabling large scale chromosomal localization of genes and BAC clones. The first approach will be lead through whole DNA amplificates from microdissected chromosomes followed by PCR or hybridization. The second way is based on preparation of mouse cell lines containing xenochromosome. X. tropicalis neomycin resistant cell population will be fused with mouse myeloma line. DNA from hybrid lines may be used as a source of sequences for subsequent analysis. The results will facilitate identification of mutated genes, enable the study of Vertebrata genome evolution and afford opportunity to finish sequencing and resequencing of X. tropicalis genome.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
EA - Morfologické obory a cytologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10601 - Cell biology
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Získané výsledky se týkají fyzického mapování genomu Xenopus tropicalis. Projekt přinesl nové informace týkající se původu a remodelace chromosome X. Dále lokalizace dosud nezmapovaných ?scaffolds? a genů. Většina cílů projektu byla splněna, Výsledky by?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2011
Ukončení řešení
31. 12. 2013
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
12. 6. 2013
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP15-GA0-GP-U/02:2
Datum dodání záznamu
6. 5. 2016
Finance
Celkové uznané náklady
2 093 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 093 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
2 093 tis. Kč
Statní podpora
2 093 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2011 - 31. 12. 2013