Radiačně indukovaná poškození komplexů DNA s proteiny
Cíle projektu
Projekt je zaměřen na teoretické simulace účinků ionizujícího záření (IZ) na komplexy DNA s proteiny. Dříve vyvinutý model pro simulace účinku OH radikálů vzniklých radiolýzou prostředí obklopujícího studovanou biomolekulu je založen na metodě Monte Carlo (simulace vzniku a difúze radikálů) a teorii Smoluchowského (chemické reakce OH radikálů s proteiny, zahrnutí vlivu ostatních produktů radiolýzy také simulace přímého účinku IZ (excitace a ionizace atomů DNA a proteinů). Výběr studovaných komplexů DNA-protein je ovlivněn dosažitelností jejich atomárních struktur v databankách (PDB, NDB) nebo molekulárním modelováním (program SYBYL) a případně též experimentálně měřených výtěžků radiačně indukovaných poškození. Pravděpodobnosti reakcí radikálů s DNA aproteiny budou analyzovány s ohledem na strukturu komplexů a charakteristiky IZ s cílem určit výtěžky a závažnost biologických poškození.
Klíčová slova
Radiation domageradiolytic attackDNA-protein complexmolecular structuretheoretical modeling
Veřejná podpora
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
Program
Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR
Veřejná soutěž
Výzkumné granty 1 (SAV0-AB2001)
Hlavní účastníci
Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Radiation induced damage of DNA - protein complexes
Anotace anglicky
The project includes theoretical simulation of radiation attack to DNA-protein complexes. Our model allows predicting the effectsof OH radicals produced by radiation in molecules` surroundings. The model is based on Monte Carlo simulation method (originand radical diffusion) and Smoluchowski theory (radical reactions with DNA). We propose its extension for modelling radical reactions with proteins, the introduction of other radiolytic species and of the direct effect of radiation (ionizations and excitations of DNA and protein). The choice of DNA-protein complexes depends on:i) the availability of their molecular structures in databanks (PDB, NDB), ii) building by molecular modelling (software SYBYL) and iii) the availability of experimental yields ofradiation-induced damages. Probabilities of radical reactions with DNA and proteins will be analyzed in terms of molecular structure and radiation parameters with the aim to obtain yields of some types of primary biological damages.
Vědní obory
Kategorie VaV
—
CEP - hlavní obor
BO - Biofyzika
CEP - vedlejší obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - další vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10403 - Physical chemistry
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10610 - Biophysics
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Vyvinutá metodika pro predikci poškození biomolekul produkty radiolýzy byla použita pro komplexy lac operátoru s lac represorem a DNA oligomerů s Fpg a hOGG1 proteiny. Byl stanoven vliv interakce partnerů na výtěžky a rozdělení poškození.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2001
Ukončení řešení
1. 1. 2003
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP/2004/AV0/AV04IA/U/N/3:2
Datum dodání záznamu
13. 10. 2004
Finance
Celkové uznané náklady
1 543 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
738 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
805 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
1 543 tis. Kč
Statní podpora
738 tis. Kč
47%
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
CEP
BO - Biofyzika
Doba řešení
01. 01. 2001 - 01. 01. 2003