Poškození bází DNA produkty radiolýzy vody
Cíle projektu
Poškození bází DNA patří mezi nejzávažnější poškození DNA účinkem ionizujícího záření. Projekt je zaměřen na teoretické simulace reakcí produktů radiolýzy (OH, H, eaq-) s jednotlivými bázemi, nukleosidy a krátkými fragmenty DNA. Difúze radikálů vzniklýchradiolýzou prostředí bude simulována metodou Monte Carlo, reakce radikálů s jednotlivými atomy bází a deoxyribózy budou modelovány podle teorie Smoluchowského. Pravděpodobnosti reakcí radikálů s jednotlivými bázemi, nukleosidy, a oligonukleotidy DNA budou porovnány s dostupnými výtěžky modifikovaných bází vystavených účinkům ionizujícího záření nebo jiným oxidačním činidlům. Cílem práce je určit rozdíl v reaktivitě bází DNA vyskytujících se samostatně a nebo v makromolekule DNA. Bude také stanoven vlivokolních bází a dynamiky dvoušroubovice DNA.
Klíčová slova
DNA basesradical attackhydroxyl radicalionizing radiationtheoretical modeling
Veřejná podpora
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
Program
Juniorské badatelské grantové projekty
Veřejná soutěž
Juniorské badatelské grantové projekty 2 (SAV02004-J)
Hlavní účastníci
Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Radiolytic damage of DNA bases
Anotace anglicky
Oxidative damage of DNA bases belongs to the most severe DNA damages caused by ionizing radiation. Presented project is aimed to the theoretical predictions of the yields of reactions of radiolytic species (OH, H, eaq-) with individual nucleobases, nucleosides and short DNA oligomers. The diffusion of radicals produced by water radiolysis will be simulated by Monte Carlo technique, radical reactions with particular atoms of bases and deoxyribose will be calculated according to Smoluchowski theory. Probabilities of reactions with particular sites within nucleobases, nucleosides, and DNA oligonucleotides will be compared to available experimetally determined yields of base damages caused by ionizing radiation or other chemical oxidative agents. The goalof the work is to establish differences in reactivity of free DNA bases and bases within double stranded DNA. The effect of surrounding base sequence and DNA dynamics will be taken into account.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CE - Biochemie
CEP - vedlejší obor
BO - Biofyzika
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10610 - Biophysics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Pravděpodobnosti reakcí OH? radikálů s atomy bází získané teoretickými výpočty byly porovnávány s experimentálními výtěžky radiolytických poškození bází. Byl určen rozdíl v reaktivitě jednotlivých atomů a celých bází samostatně a v makromolekule DNA
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2004
Ukončení řešení
1. 1. 2005
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP06-AV0-KJ-U/07:5
Datum dodání záznamu
12. 2. 2014
Finance
Celkové uznané náklady
278 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
278 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
278 tis. Kč
Statní podpora
278 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
CEP
CE - Biochemie
Doba řešení
01. 01. 2004 - 01. 01. 2005