Strukturní podstata mechanismu ukončení transkripce nepolyadenylovaných transkriptů
Cíle projektu
RNA polymerázy produkují RNA transkripty pomocí iniciace a terminace transkripce které se odvíjejí od specifických sekvencí. Signály které řídí ukončení transkripce leží buď přímo v sekvenci DNA templátu, nebo v sekvenci vznikající RNA. RNA polymeráza IIpřepisuje nejen mRNA ale také malé jaderné či malé jadérkové RNA, mezigenové a "anti-sense" RNA. Ukončení těchto transkriptů vyžaduje komplex Nrd1 který rozeznává specifický sekvenční signál ve vznikajícím RNA transkriptu pomocí zatím neznámého mechanismu. Navrhujeme použít multidimenzionální NMR spektroskopii ke studiu strukturní podstaty rozpoznávání RNA komplexem Nrd1. Tento projekt také odhalí důležitost vzdálenosti a orientace terminačních elementů v RNA transkriptu, které vedou k účinné terminacitranskripce nezaložené na polyadenylačním signálu.
Klíčová slova
StructureRNA recognitiontranscription terminationprotein-RNA complexnuclear magnetic resonanceRNA quality controlRNA processing
Veřejná podpora
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
Program
Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR
Veřejná soutěž
Výzkumné granty 9 (SAV02009-A)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
IAA401630903
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Structural basis for transcription termination of nonpolyadenylated transcripts
Anotace anglicky
RNA polymerases produce RNA transcripts by initiating and terminating transcription in response to specific sequence elements. Signals that terminate transcription reside either in the DNA template sequence or, alternatively, in the nascent RNA transcript. RNA Polymerase II transcribes not only mRNA but also a subset of small nuclear and small nucleoar RNAs, and a class of intergenic and anti-sense RNAs. Termination of these transcripts requires the Nrd1 complex which recognizes specific sequence signals in RNA transcript by unknown mechanism. Here, we propose to use multidimensional NMR spectroscopy to investigate the structural basis for RNA recognition by the Nrd1 complex and to reveal the structural determinants that define the spacing and orientation of termination elements for efficient nonpoly(A) termination.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CE - Biochemie
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Byly zjištěny struktury protein-RNA and protein-protein komplexů které objasňují mechanismus ukončení transkripce nepolyadenylovaných transkriptů. Výsledky byly publikovány v 5 článcích v recenzovaných časopisech a další 2 práce jsou v recenzním řízení.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2009
Ukončení řešení
31. 12. 2011
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
18. 3. 2011
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP12-AV0-IA-U/02:2
Datum dodání záznamu
28. 6. 2013
Finance
Celkové uznané náklady
4 875 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
4 875 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
4 875 tis. Kč
Statní podpora
4 875 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
CEP
CE - Biochemie
Doba řešení
01. 01. 2009 - 31. 12. 2011