Trojrozměrná analýza struktury endoplazmatického retikula na základě zpracování obrazů z 2-fotonového a konfokálního mikroskopu
Cíle projektu
Budeme testovat použitelnost a účinnost metod pro měření délky tubulů endoplazmatického retikula (ER), jejich délkové hustoty v buňce, podílu lamelárních struktur v ER, průměrné velikosti a rozdělení velikostí ok v ER síti, charakteristik organizace, anizotropie a textury ER. Kvantitativní vyhodnocení těchto charakteristik spolu s trojrozměrnými rekonstrukcemi ER poskytne komplexní a objektivní informace o struktuře ER, což přispěje k podrobnějšímu studiu jeho změn jak v normálně se vyvíjejících buňkách, tak i v buňkách vystavených různým typům stresu. Tyto metody budou testovány na tabákových buňkách linie BY-2 transformovaných genem pro GFP. Charakteristiky ER budou odhadovány současnými stereologickými metodami a technikami analýzy obrazu aplikovanými na trojrozměrná obrazová data získaná 2-fotonovou a konfokální mikroskopií.
Klíčová slova
endoplasmic tericulum3-D analysis2-photopn microscopyconfocal microscopyimage analysisquantiative evaluationGFP-transformed tobacco cellsstereological methods
Veřejná podpora
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
Program
Juniorské badatelské grantové projekty
Veřejná soutěž
Juniorské badatelské grantové projekty 1 (SAV02003-XJ)
Hlavní účastníci
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakultaDruh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Three-dimensional analysis of endoplasmic reticulum structure based on processing of images captured by 2-photon and confocal microscopy
Anotace anglicky
We will test the applicability and efficiency of methods for estimating the length of ER tubules, their length density in cell, proportion of lamellar sheets in ER, mean size and size distribution of meshes in the ER net, characteristics of ER organization, anisotropy and texture. The quantitative evaluation of such characteristics together with ER three-dimensional reconstruction and visualization will provide a complex and objective information about its structure and thus will help in studies of ER changes, both in normally developing cells and cells suffering from various types of stress. The methods will be tested on GFP-transformed tobacco cells (line BY-2). The ER characteristics wil estimated by contemporary unbiased stereological methods and image analysis techniques applied to three-dimensional image data acquired by 2-photon and confocal microscopy.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EA - Morfologické obory a cytologie
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
JC - Počítačový hardware a software
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10601 - Cell biology
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
20206 - Computer hardware and architecture
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Byly vyvinuty a implementovány metody analýzy obrazu pro měření délkové hustoty tubulů endoplazmatického retikula (ER) tabákových buněk. Bylo zjištěno, že v časných fázích toxického působení Al iontů a Latrunkulinu B dochází ke změnám struktury ER.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2003
Ukončení řešení
1. 1. 2005
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP06-AV0-KJ-U/07:5
Datum dodání záznamu
12. 2. 2014
Finance
Celkové uznané náklady
1 767 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
1 186 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
1 767 tis. Kč
Statní podpora
1 186 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
CEP
EA - Morfologické obory a cytologie
Doba řešení
01. 01. 2003 - 01. 01. 2005