Využití next generation sequencing ve studiu viromu ovocných dřevin
Cíle projektu
Cílem předloženého projektu je charakterizace viromu slivoní a bezu černého pomocí sekvenování nové generace (NGS), platformy Illumina, identifikace známých i nových virů a jejich metagenomická analýza, ověření možnosti využití NGS platformy pro indexování rostlin.
Klíčová slova
Next generation sequencingPCRplant virusesPrunus sppSambucus spp
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Program
COST CZ
Veřejná soutěž
COST CZ 5 (SMSM2015LD5)
Hlavní účastníci
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
MSMT-33315/2015-1
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Využití next generation sequencing ve studiu viromu ovocných dřevin
Anotace anglicky
Characterization of prunuses and elder viromes using next generation sequencing, platforma Illumina, identification of known and new viruses and their metagenomic analysis, evaluation of NGS platform in indexing of plant material.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EE - Mikrobiologie, virologie
CEP - vedlejší obor
GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin
CEP - další vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
V rámci jednotlivých aktivit byla na základě NGS studována struktura viromu slivoní a bezu černého. Nejvýznamějšími výsledky jsou identifikace meruňky jako nového hostitele viru LChv1, první detekce PrVF, detekce CNRMV, a vyloučení mandloní jako hostitele PPV. U bezu byly identifikovány dva nové viry, Sambucus virus S a Eldeberry virus 1; byl zjištěn běžný výskyt Elderberry carlavirů v ČR
Termíny řešení
Zahájení řešení
13. 10. 2015
Ukončení řešení
31. 12. 2017
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
24. 2. 2017
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP18-MSM-LD-U/01:1
Datum dodání záznamu
12. 6. 2018
Finance
Celkové uznané náklady
1 628 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
1 628 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
1 628 tis. Kč
Statní podpora
1 628 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
CEP
EE - Mikrobiologie, virologie
Doba řešení
13. 10. 2015 - 31. 12. 2017