Komparativní analýza alergenů skladištních a prachových roztočů pomocí OMICs metod

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

INTER-EXCELLENCE II

Veřejná soutěž

SMSM2022LU001

Hlavní účastníci

Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-1942/2023-2

Název projektu anglicky

Comparative genomics and transcriptomics of allergens and putative allergen genes from stored product and house dust mites

Anotace anglicky

The recent advancement in genomic and transcriptomic sequencing and the improvement of bioinformatics toolboxes broaden the horizon of research on allergen evolution. Although allergens are discovered from species at a faster rate, comparable studies of the evolutionary history of allergenicity across species and biochemical groups are still lacking. In addition, comparative genomics would help revise the current allergen database that is prone to wrong identifications. Several abundant stored product mites are yet to be examined carefully for allergen identification because their protein extracts are not available. The taxa of interest of the study are house dust mites ( Dermatophagoides farinae and D. pteronyssinus) and stored product mites (Acarus siro, Aleuroglyphus ovatus, Carpoglyphus lactis and Lepidoglyphus domesticus). Our hypothesis is that the medical importance of allergens from different biochemical groups may be correlated with major events in mites' evolutionary history, such as an ecological shift from being free-living toparasitic. For example, group 1 and 2 allergens are the most abundant and important ones in pyroglyphid house dust mites that originated from a parasitic ancestor, but not in free-living (storage) mites. The research aims are the following: (i) prepare their annotated genome and transcriptomes and identify the genes/proteins sequences of allergen and putative allergen genes; (ii) classify the allergens based on their structures and biochemical functions; (iii) compare the expression levels of allergens/putative between biochemicals groups and species of mites and study the evolutionary histories of different groups. Acquisition of the mRNA of these putative allergens enables us to develop a component resolved diagnosis of patients’ allergen profile. In addition, it will assist in monitoring allergen contamination of the human environment. Outputs of the project will be at least three peer-reviewed papers and students’ thesis.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10611 - Plant sciences, botany

OECD FORD - vedlejší obor

10613 - Zoology

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EF - Botanika<br>EG - Zoologie

Zahájení řešení

1. 3. 2023

Ukončení řešení

31. 12. 2027

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

7. 2. 2024

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-MSM-LU-R

Datum dodání záznamu

19. 2. 2024

Celkové uznané náklady

7 723 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

7 723 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč