Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026

Veřejná soutěž

SMZ0202100001

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NU21-08-00237

Název projektu anglicky

Advanced sequencing methods for deciphering structural variants in cancer genome

Anotace anglicky

Complex karyotypes (CK), containing dicentric chromosomes (DC) and/or chromothripsis (cth) are frequent findings present in cancer cells, which denote unfavorable prognosis of patients. However, their detection using standard methods of classical and molecular cytogenetics does not provide detailed information about the genomic sequence and structural variants for the identification of molecular markers and potentially druggable lesions. Long-read sequencing is a technique that can read kilobases long DNA sequences, providing detailed information about primary DNA structure and genomic rearrangements, thus useful for improvement of disease monitoring and prognosis assessment. During the project we will analyse chronic lymphocytic leukemia (CLL) patient samples with DC or cth abnormalities with long-read sequencing. The method will be coupled with the development of bioinformatic pipelines to perform genomic breakpoint mapping and characterization. Using this information, derivative chromosomes will be reconstructed and refined with the aid of results of methods for chromatin interaction assessment. By using the collected clinico-biological data we will perform survival analyses and characterize evolution of abnormalities in response to administered therapies. We hope that our findings will elucidate ambiguous cytogenetic findings in cases difficult for standard diagnostic methods and that the obtained results will provide an insight into how particular aberrations influence the disease course and treatment response. Eventually, we hope to provide further evidence of the benefit of advanced sequencing methods for diagnostics.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

30101 - Human genetics

OECD FORD - vedlejší obor

30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])

OECD FORD - další vedlejší obor

30204 - Oncology

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EB - Genetika a molekulární biologie<br>EI - Biotechnologie a bionika<br>FD - Onkologie a hematologie

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt splnil schválené odborné cíle a přinesl významné výsledky v oblasti analýzy komplexních strukturních přestaveb genomu u chronické lymfocytární leukémie. Řešitelský tým vytvořil dobře charakterizovaný soubor pacientů, implementoval a porovnal moderní cytogenomické metody včetně nanopórového sekvenování, krátkočteného celogenomového sekvenování, Micro-C a optického mapování genomu. Údaje uvedené řešitelem považuji za adekvátní a doložené. Přínos projektu spočívá zejména v metodickém srovnání, optimalizaci analytických postupů a vytvoření podkladu pro budoucí zpřesnění diagnostiky a prognostické stratifikace CLL. Projekt měl také významný publikační a prezentační výstup a přispěl k výchově mladších pracovníků. Nebyly zjištěny závažné nedostatky v dodržování zadávací dokumentace ani v čerpání finančních prostředků. Celkově jde o velmi úspěšný projekt s vynikajícími výsledky.

Zahájení řešení

1. 5. 2021

Ukončení řešení

31. 12. 2025

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

4. 3. 2025

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP26-MZ0-NU-U

Datum dodání záznamu

13. 7. 2026

Celkové uznané náklady

12 733 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

12 733 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč