Studium vybraných sérotypů Streptococcus pneumoniae působících invazivní onemocnění v České republice metodou sekvenace celého genomu

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026

Veřejná soutěž

SMZ0202200001

Hlavní účastníci

Státní zdravotní ústav

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NU22-09-00433

Název projektu anglicky

Whole genome sequencing analysis of selected serotypes of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in the Czech Republic

Anotace anglicky

In a number of countries including the Czech Republic, immunisation programmes involving pneumococcal conjugated vaccines (PCV) have proved highly effective and resulted in reduced incidence and case fatality rate of invasive pneumococcal disease (IPD), particularly in children under five years of age. Nevertheless, in the post-vaccination era, some serotypes of Streptococcus pneumoniae, despite being integrated in the currently used PCV, continue to persist in many countries. Moreover, IPD cases caused by non-vaccine serotypes are on the rise worldwide. It is necessary to address the question of how expansive the populations of the selected serotypes of S. pneumoniae are, to assess the efficiency of the available PCVs, and to consider the need for the introduction of a new PCVs. Whole genome sequencing (WGS) is currently the most sensitive and the most effective method to study populations of infectious agents. WGS data analysis will provide a detailed insight into the genetic relationships among the Czech populations of S. pneumoniae of all serotypes studied. The S. pneumoniae serotypes selection is based on the following inclusion criteria: high representation in IPD in the Czech Republic even after PCV was integrated into the childhood immunisation scheme for small children, causing higher case fatality rate, involvement in IPD of children vaccinated with PCV, and inclusion in new PCV. The criteria were met by the serotypes 3, 8, 19A, 22F, 33F, 10A, 11A, 12F, 15B, and 14. Isolates from the IPD from the period 2010 - 2025 will be studied, a total of 300 isolates. The results will add to the body of knowledge of the spread of genetic lineages of S. pneumoniae causing IPD in the Czech Republic in the post-PCV10 and PCV13 era and will serve as the background information when considering the need for the introduction of new multivalent PCVs (PCV15, PCV20, and PCV24) in the Czech Republic.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10606 - Microbiology

OECD FORD - vedlejší obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

CE - Biochemie<br>EB - Genetika a molekulární biologie<br>EE - Mikrobiologie, virologie

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Cílem projektu bylo studium izolátů vybraných sérotypů Streptococcus pneumoniae, které působí invazivní pneumokokové onemocnění v České republice. Celkem bylo za dobu řešení projektu nahlášeno do mezinárodních databází WGS data 343 izolátů S. pneumoniae, což je o 43 více ve srovnání s původním plánem předloženým v žádosti o projekt. Všechny plánované výsledky projektu byly během jeho řešení dosaženy: hlášení dat WGS do mezinárodních databází; publikování výsledků řešení projektu v impaktovaných časopisech (1x v Q2, 4x v Q4, celkem 5x unikátní dedikace projektu); prezentace výsledků řešení projektu na mezinárodních a celostátních konferencích. Praktickým dopadem výzkumu pak bylo zhodnocení vhodnosti zavedení nových PCV v České republice a vypracování doporučení ke strategii použití PCV v České republice.

Zahájení řešení

1. 5. 2022

Ukončení řešení

31. 12. 2025

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

4. 3. 2025

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP26-MZ0-NU-U

Datum dodání záznamu

13. 7. 2026

Celkové uznané náklady

7 383 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

6 757 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

626 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč