Zdokonalení interpretace výsledků sekvenace nové generace u pacientů s dědičnou kardiomyopatií využitím funkčních modelů založených na indukovaných pluripotentních buňkách a pokročilého srdečního zobrazování v rodinách

Poskytovatel
Ministerstvo zdravotnictví
Program
Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2015 - 2023
Veřejná soutěž
Zdravotnický AV 5 (SMZ0201900001)
Hlavní účastníci
Univerzita Karlova / 1. lékařská fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
NV19-08-00122

Název projektu anglicky
Improved Interpretation of Next Generation Sequencing Datasets in Patients with Inherited Cardiomyopathy Using Functional Models Based on Induced Pluripotent Stem Cells and Advanced Cardiac Imaging in Families
Anotace anglicky
Cardiomyopathies (CMPs) are a heterogeneous group of myocardial diseases with substantial morbidity and mortality. A significant fraction of CMPs are hereditary. Subtle abnormalities of cardiac function can be detected by 3D volumetry and analyses of global longitudinal strain. Compared to standard echocardiography, these methods are more precise and may thus facilitate early detection of myocardial dysfunction in families with hereditary CMPs. CMP laboratory diagnostics recently substantially benefit(ed) from use of next-generation sequencing (NGS) techniques. However, NGS often identifies large numbers of genetic variants of unknown clinical significance. To complement the enhanced clinical and bioinformatic validation tools, we propose to develop cardiomyocyte models based on induced pluripotent stem cells and test these cultures using a novel multi-methodological protocol. This approach is expected to improve interpretation of the NGS datasets generated in studied CMP families and thus facilitate clinical diagnostics and the overall understanding of CMP pathogenesis.

Kategorie VaV
AP - Aplikovaný výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10601 - Cell biology
OECD FORD - vedlejší obor
30201 - Cardiac and Cardiovascular systems
OECD FORD - další vedlejší obor
30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])
CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
EA - Morfologické obory a cytologie<br>EI - Biotechnologie a bionika<br>FA - Kardiovaskulární nemoci včetně kardiochirurgie

Hodnocení poskytovatelem
O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena
Zhodnocení výsledků projektu
Plánovaný počet vyšetření vzorků s kardiomyopatiemi pomocí sekvenování nové generace byl naplněn. Je uveden i počet 60 pacientů se z patogenními mutacemi (nejčasti gen pro TTN a MYH 7). Byla hodnocen vztah genů asociovaných s kardiomyopatiemi k riziku nepříznivého vývoje nemoci. V rámci dalšího cíle byly vytvořeny linie indukovaných pluripotentních buněk (iPSC) linií. Variabilita kardiomyocytů (CMC) však byla překážkou v dosažení konzistentních výsledků. Se zpožděním, až změnou kultivačního media, se podařilo dosáhnout 80% čistoty CMC. V době podání závěrečné zprávy probíhaly proteomické analýzy s tím, výsledky následně budou publikovány. V části věnované echokardiografii bylo zjištěno, že 3D technika je pro detekci subklinické formy DCM méně efektivní než 2D technika. Celkově je zřejmé, že naplnění cíle 3. až 5. cíle projektu (včetně publikace výsledků) negativně ovlivnily nečekané metodologické potíže, částečně v souvislosti s epidemií Covid-19.

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP24-MZ0-NV-U
Datum dodání záznamu
3. 7. 2024

Podobné projekty(10)