Analýza genetické etiologie progresivní vady sluchu pomocí WGS a inovativních bioinformatických přístupů

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2024-2030

Veřejná soutěž

SMZ0202400001

Hlavní účastníci

Fakultní nemocnice v Motole

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NW24J-06-00119

Název projektu anglicky

Analysis of the genetic etiology of progressive hearing loss using WGS and innovative bioinformatics approaches

Anotace anglicky

Genetic causes of progressive or postlingual hearing loss (PHL) has been long underestimated worldwide, in favour of environmental causes. Our pilot study have proven importance of genetic causes of PHL (46.8 % of PHL had genetic background). During the study we also found that not all cases could be solved using whole exome sequencing (WES), even in apparently hereditary PHL. This can be explained by variants in unknown genes or deep intronic variants escaping WES. Both could be discovered by whole genome sequencing (WGS) and innovative bioinformatic approaches. We will use WGS to investigate 40-60 patients with clearly genetic cause of HL (familial cases) from the original well-established cohort of 230-260 Czech patients with negative whole exome sequencing (WES). The cohort will compose of negative familial cases from already investigated group of 126 patients and 100-130 new patients undergoing WES examination as a part of this study. We will use new bioinformatics approaches developed on our department in cooperation with AI operated tool (ww.genoox.com) for WES and WGS evaluation. Subsequently we will apply statistical enrichment analysis to detect possible recurrent rare variants considered VUS that can be specific as a hearing loss cause for Czech patients. Finding recurrent variant will enable us to reclassify such variant to likely pathogenic of even pathogenic due to application of PS4 criteria of ACMG (The American College of Medical Genetics and Genomics) classification that will be also shared with other cooperating facilities performing WES of HL patient to reach at least 500 WES/WGS samples.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

30101 - Human genetics

OECD FORD - vedlejší obor

30206 - Otorhinolaryngology

OECD FORD - další vedlejší obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

AF - Dokumentace, knihovnictví, práce s informacemi<br>BC - Teorie a systémy řízení<br>BD - Teorie informace<br>EB - Genetika a molekulární biologie<br>FF - ORL, oftalmologie, stomatologie<br>IN - Informatika

Zahájení řešení

1. 5. 2024

Ukončení řešení

31. 12. 2027

Poslední stav řešení

Z - Začínající víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-MZ0-NW-R

Datum dodání záznamu

25. 3. 2024

Celkové uznané náklady

6 983 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

6 983 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč