Hodnocení genetické diverzity a klonové identity modřínu opadavého pomocí mikrosatelitových markerů

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00020702%3A_____%2F20%3AN0000072" target="_blank" >RIV/00020702:_____/20:N0000072 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.vulhm.cz/files/uploads/2021/01/612.pdf" target="_blank" >https://www.vulhm.cz/files/uploads/2021/01/612.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Hodnocení genetické diverzity a klonové identity modřínu opadavého pomocí mikrosatelitových markerů

Popis výsledku v původním jazyce

Cílem práce bylo zjistit možnosti využití SSR markerů pro hodnocení klonové identity roubovanců u semenných sadů modřínu opadavého (Larix decidua Mill.) a posoudit vhodnost markerů pro sledování genetické diverzity u populací modřínu opadavého. K identifikaci klonové příslušnosti bylo využito 13 polymorfních mikrosatelitových lokusů uspořádaných do dvou multiplexů. Na základě provedených fragmentačních analýz u souboru 218 jedinců ze dvou semenných sadů byly získány statistické charakteristiky 13 mikrosatelitových markerů. Celkově bylo detekováno 155 rozdílných alel v 13 lokusech. Nejvíce polymorfní se jevil lokus bcLK211, u kterého bylo identifikováno 20 rozdílných alel u sledovaného souboru vzorků, a nejméně polymorfní byl lokus Ld101, u něhož bylo detegováno pouze 5 alel. Na základě provedených analýz byly stanoveny multilokusové genotypové profily (MLG) jednotlivých klonů modřínu opadavého v semenných sadech Bílovice a Pabožek. U semenného sadu Bílovice byla shoda genotypových profilů jedinců u sledovaných klonů při použití 13 SSR markerů potvrzena v 73,81 % případů. V analyzovaném souboru bylo možné 167 roubovanců přiřadit k příslušným ortetům, tedy 98,24 % ramet bylo možné přiřadit k ortetům zastoupeným v semenném sadě. V případě semenného sadu Pabožek bylo v rámci 48 deklarovaných zastoupených klonů zjištěno 40 rozdílných multilokusových profilů. Využití DNA analýz při výběrů stromů do šlechtitelských programů se jeví jako užitečný doplňkový šlechtitelský nástroj, např. pro provedení rodičovských analýz či určení ekotypu modřínu resistentního vůči rakovině modřínu.

Název v anglickém jazyce

Evaluation of genetic diversity and clonal identity of European larch using microsatellite markers

Popis výsledku anglicky

The aim of the study was to determine the possibility of using SSR markers for assessing clonal identity of European larch (Larix decidua Mill.) trees in seed orchards and determine the suitability of markers for the analysis of genetic diversity in populations of European larch in the Czech Republic. Total genomic DNA was extracted by DNA Plant Mini Kit (QIAGEN) from young needles taken from 218 sampled trees of two seed orchards. Samples were screened using thirteen selected polymorphic nuclear microsatellite markers. Measuring of the size of amplification products was carried out using Applied Biosystems 3500 genetic analyser. The obtained data was analysed by statistical programs CERVUS and GenAlEx 6.503. 155 different alleles were detected at 13 loci of the 218 larch individuals from two seed orchards. By applying the 13 suitable markers to the 90 clones from model seed orchards we obtained multilocus genotypes (MLG). The obtained results illustrate the utility of the microsatellite loci for assessing spatial patterns of genetic diversity and for individual genotypes identification. 98.24% of the sampled trees could be assigned to the clones represented in the Bílovice seed orchard. The tested genetic loci were verified as highly polymorphic and could be further used for clonal identification and genetic diversity evaluation of European larch trees.

Druh

J_SC - Článek v periodiku v databázi SCOPUS

CEP obor

—

OECD FORD obor

40102 - Forestry

Projekt

<a href="/cs/project/QK1810129" target="_blank" >QK1810129: Navržení metodických postupů pro zavedení systému kontroly deklarovaného původu reprodukčního materiálu vybraných lesnicky významných druhů dřevin použitého pro umělou obnovu lesa pomocí analýz DNA v podmínkách ČR</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Zprávy lesnického výzkumu

ISSN

0322-9688

e-ISSN

1805-9872

Svazek periodika

65

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

288-296

Kód UT WoS článku

000631645100007

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85103103284