Kvantitativní stanovení Pyrenophora teres v napadených listech ječmene pomocí real-time PCR
Popis výsledku
Síťová skvrnitost je listové onemocnění ječmene. Je způsoveno dvěma formami houby Pyrenophora teres: Pyrenophora teres f. teres (PTT) a Pyrenophora teres f. maculata (PTM). Aby bylo možno monitorovat výskyt této houby v průběhu vegetace, byla vyvinuta metoda její rychlé a spolehlivé detekce pomocí PCR v reálném čase. Byly navrženy a testovány specifické TaqMan sondy a sady primerů. Sety rozlišují obě formy a detekují je zvlášť v multiplexovém uspořádání real-time PCR. Vyvinutá metodika byla použita k detekci a stanovení P. teres ve vzorcích jak po umělé infekci, tak i pro monitoring výskytu v polních podmínkách. Byla ověřena vysoká specifita reakce a její citlivost. V polních podmínkách v oblasti Kroměříž byl takto zjištěn vyšší obsah patogena Pyrenophora teres f. teres v obou letech sledování 2003 a 2004. Vyvinutá metoda je důležitým nástrojem pro monitorování výskytu obou forem P. teres v průběhu vegetace.
Klíčová slova
real-time PCRTaqMan probesPyrenophora teres f. teresPyrenophora teres f. maculata
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
Nalezeny alternativní kódy
RIV/25328859:_____/06:#0000299
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Quantification of Pyrenophora teres in infected barley leaves using real-time PCR
Popis výsledku v původním jazyce
Net blotch is a barley foliar disease caused by two forms of Pyrenophora teres: Pyrenophora teres f. teres (PTT) and Pyrenophora teres f. maculata (PTM). To monitor and quantify their occurence during the growing season, diagnostic system based on real-time PCR was developed. TaqMan MGB primers and probes were designed that showed high specificity for each of the two forms of P. teres. As a host plant internal standard, TaqMan MGB primers and probe based on RacB gene sequence were designed. The method was optimised on pure fungal DNA and on plasmid standard dilutions. Quantification was accomplished by comparing Ct values of unknown samples with those obtained from plasmids standard dilutions. The assay detects down to five gene copies per reaction. Itis able to produce reliable quantitative data over a range of six orders of magnitude. The developed assay was used to differentiate and quantify both forms of P. teres in infected barley leaves. Correlation R2=0,52 was obtained between
Název v anglickém jazyce
Quantification of Pyrenophora teres in infected barley leaves using real-time PCR
Popis výsledku anglicky
Net blotch is a barley foliar disease caused by two forms of Pyrenophora teres: Pyrenophora teres f. teres (PTT) and Pyrenophora teres f. maculata (PTM). To monitor and quantify their occurence during the growing season, diagnostic system based on real-time PCR was developed. TaqMan MGB primers and probes were designed that showed high specificity for each of the two forms of P. teres. As a host plant internal standard, TaqMan MGB primers and probe based on RacB gene sequence were designed. The method was optimised on pure fungal DNA and on plasmid standard dilutions. Quantification was accomplished by comparing Ct values of unknown samples with those obtained from plasmids standard dilutions. The assay detects down to five gene copies per reaction. Itis able to produce reliable quantitative data over a range of six orders of magnitude. The developed assay was used to differentiate and quantify both forms of P. teres in infected barley leaves. Correlation R2=0,52 was obtained between
Klasifikace
Druh
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
QC1361: Vývoj metody pro kvantifikaci houbových patogenů na bázi RealTime PCR
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2006
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Microbiological Methods
ISSN
0167-7012
e-ISSN
—
Svazek periodika
67
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
NL - Nizozemsko
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
446-455
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—
Základní informace
Druh výsledku
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP
GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin
Rok uplatnění
2006