Detekce virů česneku pomocí SYBR Green Real-Time RT PCR

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F12%3A00002215" target="_blank" >RIV/00027006:_____/12:00002215 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Detekce virů česneku pomocí SYBR Green Real-Time RT PCR

Popis výsledku v původním jazyce

Pro detekci virů česneku Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) a Mite-borne filamentous virus (MbFV) byly navrženy primery na základě sekvencí genu pro plášťový protein a byla optimalizována metoda SYBR Green real-time RT PCR. Touto metodou byl provedeno stanovení obsahu pěti uvedených druhů virů u 50 genotypů česneku (Allium sativum L.) pocházejícího z různých zemí světa a u 24 genotypů česneku po odvirování. Účinnosti reakcí byly 97 % (OYDV), 93 % (LYSV), 99 % (SVL), 98 % (GCLV) a 87 % (MbFV). Detekční limit pro OYDV, LYSV a GCLV je 5 kopií, u SLV 15 kopií a u MbFV 130 kopií genu pro plášťový protein. Ve srovnání s ELISA byla přítomnost virů prokázána u většíhoprocenta studovaných genotypů. Nejvíce byly vzorky napadeny virem OYDV a GCLV.

Název v anglickém jazyce

Detection of garlic viruses using SYBR Green Real-Time RT PCR

Popis výsledku anglicky

SYBR Green real-time RT PCR assay was developed and optimised for the detection of Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) and Mite-borne filamentous virus (MbFV). The assay was tested on 50 genotypes of garlic (Allium sativum L.) which originated from different countries and on 24 garlic genotypes after a process of viruses remove. The efficiencies of all reactions were 97 %, 93 %, 99 %, 98 % and 87 % for OYDV, LYSV, SLV, GCLV and MbFV standards respectively. The detection limit for OYDV, LYSV and GCLV was as low as 5 gene copies, for SLV it was 15 gene copies and for MbFV was 130 gene copies. In comparison to ELISA, more virus positive garlic accessions were foundfor LYSV and GCLV by SYBR Green-based real-time RT PCR assay. OYDV and GCLV were found the most prevalent viruses in analysed samples.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/QH71228" target="_blank" >QH71228: Ozdravení domácích genotypů česneku za účelem jejich uchování metodou kryokonzervace</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2012

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Česnek ve 21. století

ISBN

978-80-7427-102-1

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

45-52

Název nakladatele

Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.

Místo vydání

Praha

Místo konání akce

Regionální centrum Olomouc

Datum konání akce

1. 1. 2012

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—