Detekce pěti virů česneku kuchyňského metodou SYBR Green real- time PCR

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F17%3A00004058" target="_blank" >RIV/00027006:_____/17:00004058 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.vurv.cz/sites/File/Publications/ISBN%20978-80-7427-236-3.pdf" target="_blank" >http://www.vurv.cz/sites/File/Publications/ISBN%20978-80-7427-236-3.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Detekce pěti virů česneku kuchyňského metodou SYBR Green real- time PCR

Popis výsledku v původním jazyce

Předmětem metodiky je postup pro detekci pěti virů u česneku kuchyňského, pomocí analýzy real- time PCR laboratořemi v praxi. Tato metoda umožní identifikovat pět zástupců virů u česneku a to: Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) a Garlic mite-borne filamentous virus (GMbFV) na základě detekce sekvencí genu pro plášťový protein metodou SYBR Green real-time PCR. Tato metoda se osvědčila jako vhodný nástroj pro detekci vysoce variabilních patogenů jako jsou viry česneku. Metodika nově přináší postup detekce těchto virů.

Název v anglickém jazyce

Detection of five garlic viruses

Popis výsledku anglicky

The objective of the assay is detection of five viruses in garlic using real- time PCR analysis. . This assay allows to identify five of the viruses in the varieties of garlic - Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) and Garlic mite-borne filamentous virus (GMbFV) based on the detection of gene sequences for the coat protein by SYBR Green real-time PCR. This method was shown in our work to be a suitable tool for the detection of highly variable pathogens, such as garlic viruses. The method brings a new procedure for detection of these viruses.

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

<a href="/cs/project/QJ1210158" target="_blank" >QJ1210158: Bezpečná a kvalitní zelenina r. Allium se zaměřením na česnek z domácích zdrojů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2017

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

ISBN 978-80-7427-236-3

Číslo předpisu

19738/2017

Technické parametry

Osvědčení pod č.j. (19738/2017) o uznání certifikované metodiky vydalo Ministerstvo zemědělství, Odbor rostlinných komodit dne 30.3.2017. Smlouva o uplatnění certifikované metodiky č. 4/2017 ze dne 16.12.2016 uzavřená mezi Výzkumným ústavem rostlinné výroby, v.v.i., Drnovská 507, 161 06 Praha 6, IČ: 00027006, DIČ: CZ00027006 (poskytovatel) a Ing. Janem Kozákem, Poběžovice 31, 534 01 Holice, IČ: 14513421, DIČ: CZ531230237 zastoupený Ing. Janem Kozákem (uživatel). Statutární zástupce za VÚRV, v.v.i.: Dr. Ing. Pavel Čermák, ředitel Kontaktní osoba za VÚRV,v.v.i.: Ing. Katarína Mitrová, tel. 233022330, e-mail: mitrova@vurv.cz ISBN 978-80-7427-236-3

Ekonomické parametry

Pro zavedení metodiky do praxe je třeba počítat s náklady na verifikaci metody na daném pracovišti. Je třeba do analýz zahrnout 5 standardních vzorků (standardů). Náklady na izolaci RNA 100 vzorků 10 000 Kč, náklady na pořízení specifických primerů 2 700 Kč, Standardy a primery jsou materiály, které se na verifikaci nezužitkují všechny a mohou být použity v následných analýzách. Jejich množství závisí na nutnosti opakování některých analýz při zavádění metody. Další přínosy jsou dány možností kontroly ozdravení sadby a šlechtitelských materiálů česneku, protože viry způsobují ekonomické ztráty. Při výnosu česneku 6-7 t/ha a ceně 100-190 Kč za 1kg česneku se úspory mohou pohybovat v řádu několika desítek tisíc korun.

Označení certifikačního orgánu

Ministerstvo zemědělství, Odbor rostlinných komodit, Těšnov 17, 110 00 Praha 1

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů