PxSNP v1.0

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027014%3A_____%2F20%3AN0000129" target="_blank" >RIV/00027014:_____/20:N0000129 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://vuzv.cz/_privat/20126.pdf" target="_blank" >https://vuzv.cz/_privat/20126.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

PxSNP v1.0

Popis výsledku v původním jazyce

Program PxSNP slouží pro úpravu surových genomických dat. Součástí programu je kontrola vstupních údajů pro použitelnost rozličných formátů k dalšímu zpracování a samotná příprava genomických údajů pro imputaci v programu FImpute (Sargolzaei et al. 2014). Součástí programu je také simulační balíček SIMPUT, který slouží k ověření přesnosti imputace v závislosti na velikosti referenční populace a množství chybějících SNP. Jedna z částí programu PxSNP je zaměřena na kontrolu rodokmenu a detekce cyklů, které se často v rodokmenech vyskytují. Program PxSNP je schopný připravit surová data k imputaci a následně je upravit pro další použití pomocí zpětného převodu. Zpětný převod upravuje data do původní podoby, případně do podoby vstupního souboru pro předpověď plemenných hodnot v programu BLUPf90 (Mizstal et al. 2018).

Název v anglickém jazyce

PxSNP v1.0

Popis výsledku anglicky

The PxSNP program is used for the editing of raw genomic data. The program includes the control of input data for the applicability of various formats for further processing and the preparation of genomic data for imputation in the FImpute software (Sargolzaei et al. 2014). The program also includes a simulation package SIMPUT, which is used to verify the accuracy of imputation depending on the size of the reference population and the number of missing SNPs. One of the parts of the PxSNP program is focused on pedigree control and detection of cycles that often occur in pedigrees. The PxSNP program is able to prepare raw data for imputation and then modify it for further use using reverse conversion. The reverse conversion changes the data to the original form or the form of an input file for the prediction of breeding values in the BLUPf90 program (Mizstal et al. 2018).

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

40203 - Husbandry

Projekt

<a href="/cs/project/QK1810253" target="_blank" >QK1810253: Navýšení spolehlivosti celostátního genomického hodnocení dojeného skotu zařazením krav s domácí užitkovostí do genotypované referenční populace</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

PxSNP

Technické parametry

Software PxSNP je volně dostupný software, vyvinutý na Výzkumném ústavě živočišné výroby, v.v.i. Praha v rámci řešení projektu NAZV QK1810253 „Navýšení spolehlivosti celostátního genomického hodnocení dojeného skotu zařazením krav s domácí užitkovostí do genotypované referenční populace“. Programy balíčku PxSNP jsou dostupné jako spustitelné (*.exe) soubory. Tyto soubory lze spustit pod operačními systémy Windows, Linux a MacOS ve variantách 32 a 64 bit. Software PxSNP byl napsán v programovacím jazyce #C s pomocí softwarové platformy Microsoft Visual Studio 2019. Pro jeho správný běh je zapotřebí mít nainstalovaný .NET Core Runtime 3.1.

Ekonomické parametry

Přinosem softwaru je zjednodušená úprava a kontrola genomických dat pro účely imputace chybějících SNP. Imputace, jako nový postup úpravy dat umožňuje snížení nákladů s genotypováním populace hospodářských zvířat. Dalším využitím, je následná úprava dat po imputaci, která umožňuje efektivní začlenění těchto postupů do provozního odhadu genomických plemenných hodnot.

IČO vlastníka výsledku

00027014

Název vlastníka

VÝZKUMNÝ ÚSTAV ŽIVOČIŠNÉ VÝROBY, v.v.i. V UHŘÍNĚVSI