Osekvenovaní celého genomu a zveřejnění v databázi GenBank

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027022%3A_____%2F22%3AN0000077" target="_blank" >RIV/00027022:_____/22:N0000077 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Osekvenovaní celého genomu a zveřejnění v databázi GenBank

Popis výsledku v původním jazyce

Znalost celogenomových sekvencí širokého spektra živočichů má velký význam při navrhování metodik specifických pro vybraný druh nebo skupinu druhů. Předkládaný výsledek se zaměřil na možnost identifikace kaprovitých ryb žijících v České republice, a to z důvodu navýšení možné specifity (a nebo naopak univerzality) navrhovaných metodik, respektive primerů, a zároveň pro prozkoumání diverzity a evoluce parvalbuminových genů u ryb. Sekvenace genomu byla provedena u pěti vybraných druhů ryb z čeledi Cyprinidae (Squalius cephalus, Alburnus alburnus, Rutilus rutilus, Scardinius erythrophthalmus, Abramis brama), pro něž dosud nebyla celogenomová data, jakož i sekvence parvalbuminového genu, dostupná. Tyto druhy byly vybrány tak, aby pokrývaly diverzitu kaprovitých ryb žijících v České republice. Zároveň bylo při výběru rybích druhů přihlédnuto k riziku jejich zneužití pro falšování potravin. Dané výstupy jsou volně k dispozici v databázi GenBank pod přístupovým číslem „BioProject ID: PRJNA915854“.

Název v anglickém jazyce

Whole genome sequencing and its publication in the GenBank database

Popis výsledku anglicky

Knowledge of the whole genome sequences of a wide range of animals is important in designing methodologies specific to a selected species or group of species. The present result focused on the possibility of identification of carp-like fish living in the Czech Republic, in order to increase the possible specificity (or, on the contrary, universality) of the proposed methodologies or primers, as well as to investigate the diversity and evolution of parvalbumin genes in fish. Genome sequencing was performed in five fish species from Cyprinidae family (Squalius cephalus, Alburnus alburnus, Rutilus rutilus, Scardinius erythrophthalmus, Abramis brama) for which whole-genome data, as well as parvalbumin gene sequences, were not previously available. These species were selected to cover the diversity of carp fishes living in the Czech Republic. At the same time, the selection of fish species took into account the risk of their misuse for food adulteration. The outputs are freely available in the GenBank database under the accession number "BioProject ID: PRJNA915854".

Druh

S_db - Specializovaná veřejná databáze

CEP obor

—

OECD FORD obor

21101 - Food and beverages

Projekt

<a href="/cs/project/QK1910231" target="_blank" >QK1910231: Nové přístupy k průkazu falšování rybího masa pomocí genomové DNA</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Číslo předpisu

MZE-36115/2023-18122

Označení certifikačního orgánu

Ministerstvo zemědělství

Datum certifikace

—