Typizace Salmonella enterica serovar Typhimurium pomocí profágové PCR

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F07%3A8P012369" target="_blank" >RIV/00027162:_____/07:8P012369 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Typizace Salmonella enterica serovar Typhimurium pomocí profágové PCR

Popis výsledku v původním jazyce

Nedávné výsledky microarray analýz naznačily, že nejčastějším zdrojem variability mezi kmeny Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) jsou integrované profágy. To vedlo k hypotéze, že průkaz těchto profágů pomocí PCR by mohl být účinným nástrojem k typizaci S. Typhimurium srovnatelný s makrorestrikční analýzou. Proto jsme navrhli a optimalizovali 4 triplex PCR, které jsou specifické k 12 genů obvykle profágového původu. Následně bylo vyšetřeno 102 terénních kmenů jak touto PCR, tak i pomocí makrorestrikční analýzy. Mezi těmito kmeny bylo pomocí multiplex PCR rozlišeno 22 různých typů a pomocí makrorestrikční analýzy 25 různých typů. Přestože byla makrorestrikční analýza o něco účinnější, multiplex PCR díky své jednoduchosti a možnosti snadného sdílení výsledků různými laboratořemi nabízí zajímavou, uživatelsky přívětivou alternativu k makrorestrikční analýze.

Název v anglickém jazyce

Salmonella Typhimurium typing by prophage-specific PCR

Popis výsledku anglicky

Recent data from microarray analysis showed that the most frequent sources of genomic variation between different Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) strains are integrated prophages. This led us to a hypothesis that PCR detection ofthe integrated prophages might be an efficient typing tool alternative to pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). In this study we therefore optimised 4 triplex PCRs specific for 12 target sequences of mostly prophage origin and tested them in 102 field strains. The same set of strains was characterized also by PFGE. Among these strains, 22 different multiplex PCR and 25 different PFGE profiles were identified. Despite the fact that the PFGE was slightly more discriminatory, the multiplex PCR typing due to its simplicity and potential of simple data sharing between laboratories represents an interesting, user-friendly alternative to the PFGE typing of S. Typhimurium.

Druh

X - Nezařazeno

CEP obor

EE - Mikrobiologie, virologie

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2007

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů