Typizace Salmonella enterica serovar Typhimurium pomocí multiplex PCR založené na detekci profágové DNA

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F08%3A%230000348" target="_blank" >RIV/00027162:_____/08:#0000348 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Salmonella enterica serovar Typhimurium typing by prophage-specific PCR

Popis výsledku v původním jazyce

Recent data from microarray analysis showed that the most frequent sources of genomic variation between different Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) strains are integrated prophages. This led us to a hypothesis that PCR detection ofthe integrated prophages might be an efficient typing tool alternative to pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). In this study we therefore optimised 4 triplex PCRs specific for 12 target sequences of mostly prophage origin and tested them in 102 field strains. The same set of strains was characterized also by PFGE. Among these strains, 22 different multiplex PCR and 25 different PFGE profiles were identified. Despite the fact that the PFGE was slightly more discriminatory, the multiplex PCR typing due to its simplicity and potential of simple data sharing between laboratories represents an interesting, user-friendly alternative to the PFGE typing of S. Typhimurium.

Název v anglickém jazyce

Salmonella enterica serovar Typhimurium typing by prophage-specific PCR

Popis výsledku anglicky

Recent data from microarray analysis showed that the most frequent sources of genomic variation between different Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) strains are integrated prophages. This led us to a hypothesis that PCR detection ofthe integrated prophages might be an efficient typing tool alternative to pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). In this study we therefore optimised 4 triplex PCRs specific for 12 target sequences of mostly prophage origin and tested them in 102 field strains. The same set of strains was characterized also by PFGE. Among these strains, 22 different multiplex PCR and 25 different PFGE profiles were identified. Despite the fact that the PFGE was slightly more discriminatory, the multiplex PCR typing due to its simplicity and potential of simple data sharing between laboratories represents an interesting, user-friendly alternative to the PFGE typing of S. Typhimurium.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EE - Mikrobiologie, virologie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/1B44020" target="_blank" >1B44020: Patogeneze enterálních koliinfekcí a salmonelóz prasat</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2008

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Microbiology-SGM

ISSN

1350-0872

e-ISSN

—

Svazek periodika

154

Číslo periodika v rámci svazku

5

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000256113900013

EID výsledku v databázi Scopus

—