Multiplexní systém pro stanovení vybraných zástupců Protozoa u mláďat malých přežvýkavců pomocí metody MOL-PCR

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F22%3AN0000220" target="_blank" >RIV/00027162:_____/22:N0000220 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.vri.cz/wp-content/uploads/2022/12/FV5083_FinalMarkova.pdf" target="_blank" >https://www.vri.cz/wp-content/uploads/2022/12/FV5083_FinalMarkova.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Multiplexní systém pro stanovení vybraných zástupců Protozoa u mláďat malých přežvýkavců pomocí metody MOL-PCR

Popis výsledku v původním jazyce

Metodika funkčního vzorku popisuje PCR s multiplexní oligonukleotidovou ligací (MOL-PCR) pro diagnostiku vybraných protozoálních parazitů způsobujících průjmy mláďat malých přežvýkavců v prvních týdnech po narození (Cryptosporidium spp., Eimeria spp., Giardia intestinalis). Do diagnostického panelu byla zařazena také Cryptosporidium parvum jako potenciálně zoonotický druh. Pro lepší optimalizaci byly do detekčního systému zahrnuty dvě bakterie způsobující střevní infekce u mladých jedinců a to Salmonella enterica a Escherichia coli. Tento diagnostický prostředek umožňuje multiplexní in vitro detekci parazitární a bakteriální DNA ve vzorcích výkalů jehňat a kůzlat a to v rámci jedné reakce. Diagnostický nástroj také obsahuje interní kontrolu sloužící ke kontrole správného průběhu MOL-PCR. Vývoj detekční soupravy v rámci funkčního vzorku je jedním z výstupů při řešení projektu Ministerstva Zemědělství QK1910082.

Název v anglickém jazyce

Multiplex system for the determination of selected Protozoa in young small ruminants using the MOL-PCR method

Popis výsledku anglicky

The functional sample methodology describes multiplex oligonucleotide ligation PCR (MOL-PCR) for the diagnosis of selected protozoan parasites causing diarrhoea in young ruminants in the first weeks after their birth (Cryptosporidium spp., Eimeria spp., Giardia intestinalis). Cryptosporidium parvum was also included in the diagnostic panel as a potentially zoonotic species. For better optimization, two bacteria causing intestinal infections in young individuals, Salmonella enterica and Escherichia coli, were included in the detection system. This diagnostic tool allows multiplex in vitro detection of parasitic and bacterial DNA in faecal samples from lambs and kids in a single reaction. The diagnostic tool also includes an internal control to check the correct course of the MOL-PCR. The development of the detection system within the functional sample is one of the outputs of the Ministry of Agriculture project QK1910082.

Druh

G_funk - Funkční vzorek

CEP obor

—

OECD FORD obor

40301 - Veterinary science

Projekt

<a href="/cs/project/QK1910082" target="_blank" >QK1910082: Řešení problematiky výskytu bakteriálních, protozoárních a virových zoonotických agens v chovech malých přežvýkavců</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

5083/2022

Číselná identifikace

ISBN 978-80-7672-029-9

Technické parametry

Pro vývoj detekčního systému využívající tzv. xMAP technologii na přístrojové platformě MagPix byly vybrány protozoální parazité způsobující průjmy jehňat a kůzlat v prvních týdnech po narození (Cryptosporidium spp., Eimeria spp., Giardia intestinalis) a Cryptosporidium parvum jako potenciálně zoonotický druh. Pro lepší optimalizaci diagnostického panelu byly také zařazeny dvě bakterie způsobující střevní infekce u mladých jedinců a to Salmonella enterica a Escherichia coli. Diagnostický systém využívá kombinaci xMAP technologie (Luminex corporation, USA), ligační reakce a polymerázové řetězové reakce (PCR) se specifickými oligonukleotidy cílenými na unikátní oblasti v genomu těchto vybraných protozoálních a bakteriálních druhů. Součástí každé reakce je interní kontrola sloužící ke kontrole průběhu PCR odhalující možnou falešnou negativitu způsobenou inhibicí u analyzovaného vzorku.

Ekonomické parametry

Diagnosticky vybavená laboratoř vynaloží náklady spojené s analýzami zejména na syntézu oligonukleotidů, pořízení spotřebního materiálu, pořízení souprav k extrakci DNA, chemikálií a enzymů pro ligační esej, pro PCR reakci a hybridizaci včetně magnetických mikrosfér. Cena materiálu na vyšetření jednoho vzorku v duplikátu se pohybuje kolem 700 Kč (bez DPH). Při zavedení funkčního vzorku do diagnostické praxe se však ušetří náklady spojené s analýzou vzhledem k její komplexnosti. Komplexní a rychlý průkaz jednotlivých parazitů (příp. bakterií) v závislosti na věku zvířat tedy přispívá k cílenější diagnostice onemocnění mláďat, k efektivnějším způsobům léčby a k lepší prevenci průjmových či dalších infekčních onemocnění. To vše vede v širším měřítku ke zlepšení ekonomiky chovu.

Kategorie aplik. výsledku dle nákladů

—

IČO vlastníka výsledku

00027162

Název vlastníka

Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i.

Stát vlastníka

CZ - Česká republika

Druh možnosti využití

A - K využití výsledku jiným subjektem je vždy nutné nabytí licence

Požadavek na licenční poplatek

A - Poskytovatel licence na výsledek požaduje licenční poplatek

Adresa www stránky s výsledkem

https://www.vri.cz/wp-content/uploads/2022/12/FV5083_FinalMarkova.pdf