Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Impact of acceptor splice site NAGTAG motif on exon recognition

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00209775%3A_____%2F19%3AN0000013" target="_blank" >RIV/00209775:_____/19:N0000013 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14110/19:00108505

  • Výsledek na webu

    <a href="https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11033-019-04734-6" target="_blank" >https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11033-019-04734-6</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1007/s11033-019-04734-6" target="_blank" >10.1007/s11033-019-04734-6</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Impact of acceptor splice site NAGTAG motif on exon recognition

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Pre-mRNA splicing is an essential step in gene expression, when introns are removed and exons joined by the complex of proteins called spliceosome. Correct splicing requires a precise exon/intron junction definition, which is determined by a consensual donor and acceptor splice site at the 5′ and 3′ end, respectively. An acceptor splice site (3′ss) consists of highly conserved AG nucleotides in positions E−2 and E−1. These nucleotides can appear in tandem, located 3 bp from each other. Then they are referred to as NAGNAG or tandem 3′ss, which can be alternatively spliced. NAG/TAG 3′ss motif abundance is extremely low and cannot be easily explained by just a nucleotide preference in this position. We tested artificial NAG/TAG motif’s potential negative effect on exon recognition using a minigene assay. Introducing the NAG/TAG motif into seven different exons revealed no general negative effect on exon recognition. The only observed effect was the partial use of the newly formed distal 3′ss. We can conclude that this motif’s extremely low preference in a natural 3′ss is not a consequence of the NAG/TAG motif’s negative effect on exon recognition, but more likely the result of other RNA processing aspects, such as an alternative 3′ss choice, decreased 3′ss strength, or incorporating an amber stop codon.

  • Název v anglickém jazyce

    Impact of acceptor splice site NAGTAG motif on exon recognition

  • Popis výsledku anglicky

    Pre-mRNA splicing is an essential step in gene expression, when introns are removed and exons joined by the complex of proteins called spliceosome. Correct splicing requires a precise exon/intron junction definition, which is determined by a consensual donor and acceptor splice site at the 5′ and 3′ end, respectively. An acceptor splice site (3′ss) consists of highly conserved AG nucleotides in positions E−2 and E−1. These nucleotides can appear in tandem, located 3 bp from each other. Then they are referred to as NAGNAG or tandem 3′ss, which can be alternatively spliced. NAG/TAG 3′ss motif abundance is extremely low and cannot be easily explained by just a nucleotide preference in this position. We tested artificial NAG/TAG motif’s potential negative effect on exon recognition using a minigene assay. Introducing the NAG/TAG motif into seven different exons revealed no general negative effect on exon recognition. The only observed effect was the partial use of the newly formed distal 3′ss. We can conclude that this motif’s extremely low preference in a natural 3′ss is not a consequence of the NAG/TAG motif’s negative effect on exon recognition, but more likely the result of other RNA processing aspects, such as an alternative 3′ss choice, decreased 3′ss strength, or incorporating an amber stop codon.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/NV16-34414A" target="_blank" >NV16-34414A: Určení genových oblastí náchylných ke vzniku mutací ovlivňujících sestřih mRNA</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Molecular Biology Reports

  • ISSN

    0301-4851

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    46

  • Číslo periodika v rámci svazku

    3

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    8

  • Strana od-do

    2877-2884

  • Kód UT WoS článku

    000470332600028

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85062700137