Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Nucleotides in both donor and acceptor splice sites are responsible for choice in NAGNAG tandem splice sites

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00209775%3A_____%2F21%3AN0000012" target="_blank" >RIV/00209775:_____/21:N0000012 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14110/21:00123981

  • Výsledek na webu

    <a href="https://link.springer.com/article/10.1007/s00018-021-03943-2" target="_blank" >https://link.springer.com/article/10.1007/s00018-021-03943-2</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1007/s00018-021-03943-2" target="_blank" >10.1007/s00018-021-03943-2</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Nucleotides in both donor and acceptor splice sites are responsible for choice in NAGNAG tandem splice sites

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Among alternative splicing events in the human transcriptome, tandem NAGNAG acceptor splice sites represent an appreciable proportion. Both proximal and distal NAG can be used to produce two splicing isoforms differing by three nucleotides. In some cases, the upstream exon can be alternatively spliced as well, which further increases the number of possible transcripts. In this study, we showed that NAG choice in tandem splice site depends considerably not only on the concerned acceptor, but also on the upstream donor splice site sequence. Using an extensive set of experiments with systematically modified two-exonic minigene systems of AFAP1L2 or CSTD gene, we recognized the third and fifth intronic upstream donor splice site position and the tandem acceptor splice site region spanning from −10 to +2, including NAGNAG itself, as the main drivers. In addition, competition between different branch points and their composition were also shown to play a significant role in NAG choice. All these nucleotide effects appeared almost additive, which explained the high variability in proximal versus distal NAG usage.

  • Název v anglickém jazyce

    Nucleotides in both donor and acceptor splice sites are responsible for choice in NAGNAG tandem splice sites

  • Popis výsledku anglicky

    Among alternative splicing events in the human transcriptome, tandem NAGNAG acceptor splice sites represent an appreciable proportion. Both proximal and distal NAG can be used to produce two splicing isoforms differing by three nucleotides. In some cases, the upstream exon can be alternatively spliced as well, which further increases the number of possible transcripts. In this study, we showed that NAG choice in tandem splice site depends considerably not only on the concerned acceptor, but also on the upstream donor splice site sequence. Using an extensive set of experiments with systematically modified two-exonic minigene systems of AFAP1L2 or CSTD gene, we recognized the third and fifth intronic upstream donor splice site position and the tandem acceptor splice site region spanning from −10 to +2, including NAGNAG itself, as the main drivers. In addition, competition between different branch points and their composition were also shown to play a significant role in NAG choice. All these nucleotide effects appeared almost additive, which explained the high variability in proximal versus distal NAG usage.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2021

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Cellular and Molecular Life science

  • ISSN

    1420-682X

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    78

  • Číslo periodika v rámci svazku

    21-22

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    15

  • Strana od-do

    6979-6993

  • Kód UT WoS článku

    000702592500001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85116039158