Secondary structure is required for 3' splice site recognition in yeast.
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F11%3A10104338" target="_blank" >RIV/00216208:11310/11:10104338 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3239191/?tool=pubmed" target="_blank" >http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3239191/?tool=pubmed</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkr662" target="_blank" >10.1093/nar/gkr662</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Secondary structure is required for 3' splice site recognition in yeast.
Popis výsledku v původním jazyce
Higher order RNA structures can mask splicing signals, loop out exons, or constitute riboswitches all of which contributes to the complexity of splicing regulation. We identified a G to A substitution between branch point (BP) and 3' splice site (3'ss) of Saccharomyces cerevisiae COF1 intron, which dramatically impaired its splicing. RNA structure prediction and in-line probing showed that this mutation disrupted a stem in the BP-3'ss region. Analyses of various COF1 intron modifications revealed that the secondary structure brought about the reduction of BP to 3'ss distance and masked potential 3'ss. We demonstrated the same structural requisite for the splicing of UBC13 intron. Moreover, RNAfold predicted stable structures for almost all distant BP introns in S. cerevisiae and for selected examples in several other Saccharomycotina species. The employment of intramolecular structure to localize 3'ss for the second splicing step suggests the existence of pre-mRNA structure-based mecha
Název v anglickém jazyce
Secondary structure is required for 3' splice site recognition in yeast.
Popis výsledku anglicky
Higher order RNA structures can mask splicing signals, loop out exons, or constitute riboswitches all of which contributes to the complexity of splicing regulation. We identified a G to A substitution between branch point (BP) and 3' splice site (3'ss) of Saccharomyces cerevisiae COF1 intron, which dramatically impaired its splicing. RNA structure prediction and in-line probing showed that this mutation disrupted a stem in the BP-3'ss region. Analyses of various COF1 intron modifications revealed that the secondary structure brought about the reduction of BP to 3'ss distance and masked potential 3'ss. We demonstrated the same structural requisite for the splicing of UBC13 intron. Moreover, RNAfold predicted stable structures for almost all distant BP introns in S. cerevisiae and for selected examples in several other Saccharomycotina species. The employment of intramolecular structure to localize 3'ss for the second splicing step suggests the existence of pre-mRNA structure-based mecha
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LC07032" target="_blank" >LC07032: Centrum funkční genetiky</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Nucleic Acids Research
ISSN
0305-1048
e-ISSN
—
Svazek periodika
39
Číslo periodika v rámci svazku
22
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
9759-9767
Kód UT WoS článku
000298186000031
EID výsledku v databázi Scopus
—