Alignment-Based Extension to DDPIn Feature Extraction

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F10%3A10033971" target="_blank" >RIV/00216208:11320/10:10033971 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Alignment-Based Extension to DDPIn Feature Extraction

Popis výsledku v původním jazyce

Finding similarity between a pair of protein structures is one of the fundamental tasks in many areas of bioinformatical research such as protein structure prediction, function mapping, etc. We propose a method for finding pairing of amino acids based ondensities of the structures and we also propose a modification to the original template modeling-score (TM-Score) rotation algorithm that assess similarity score to this alignment. Proposed modification is faster than TM and comparably robust accordingto non-optimal parts in the alignment. We measure the qualities of the algorithm in terms of structural classification of proteins (SCOP) classification accuracy. Regarding the accuracy, our solution outperforms the contemporary solutions at two out of three tested levels of the SCOP hierarchy.

Název v anglickém jazyce

Alignment-Based Extension to DDPIn Feature Extraction

Popis výsledku anglicky

Finding similarity between a pair of protein structures is one of the fundamental tasks in many areas of bioinformatical research such as protein structure prediction, function mapping, etc. We propose a method for finding pairing of amino acids based ondensities of the structures and we also propose a modification to the original template modeling-score (TM-Score) rotation algorithm that assess similarity score to this alignment. Proposed modification is faster than TM and comparably robust accordingto non-optimal parts in the alignment. We measure the qualities of the algorithm in terms of structural classification of proteins (SCOP) classification accuracy. Regarding the accuracy, our solution outperforms the contemporary solutions at two out of three tested levels of the SCOP hierarchy.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GA201%2F09%2F0683" target="_blank" >GA201/09/0683: Vyhledávání v rozsáhlých multimediálních databázích</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

International Journal of Computational Bioscience

ISSN

1918-3909

e-ISSN

—

Svazek periodika

1

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

CA - Kanada

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—