SETTER: web server for RNA structure comparison

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F12%3A10124055" target="_blank" >RIV/00216208:11320/12:10124055 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/60461373:22310/12:43893841 RIV/60461373:22340/12:43893841

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gks560" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1093/nar/gks560</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gks560" target="_blank" >10.1093/nar/gks560</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

SETTER: web server for RNA structure comparison

Popis výsledku v původním jazyce

The recent discoveries of regulatory non-coding RNAs changed our view of RNA as a simple information transfer molecule. Understanding the architecture and function of active RNA molecules requires methods for comparing and analyzing their 3D structures.While structural alignment of short RNAs is achievable in a reasonable amount of time, large structures represent much bigger challenge. Here, we present the SETTER web server for the RNA structure pairwise comparison utilizing the SETTER (SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm) algorithm. The SETTER method divides an RNA structure into the set of non-overlapping structural elements called generalized secondary structure units (GSSUs). The SETTER algorithm scales as O(n(2)) with the size of a GSSUs and as O(n) with the number of GSSUs in the structure. This scaling gives SETTER its high speed as the average size of the GSSU remains constant irrespective of the size of the structure. However, the favorable spee

Název v anglickém jazyce

SETTER: web server for RNA structure comparison

Popis výsledku anglicky

The recent discoveries of regulatory non-coding RNAs changed our view of RNA as a simple information transfer molecule. Understanding the architecture and function of active RNA molecules requires methods for comparing and analyzing their 3D structures.While structural alignment of short RNAs is achievable in a reasonable amount of time, large structures represent much bigger challenge. Here, we present the SETTER web server for the RNA structure pairwise comparison utilizing the SETTER (SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm) algorithm. The SETTER method divides an RNA structure into the set of non-overlapping structural elements called generalized secondary structure units (GSSUs). The SETTER algorithm scales as O(n(2)) with the size of a GSSUs and as O(n) with the number of GSSUs in the structure. This scaling gives SETTER its high speed as the average size of the GSSU remains constant irrespective of the size of the structure. However, the favorable spee

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GAP202%2F11%2F0968" target="_blank" >GAP202/11/0968: Podobnostní nemetrické vyhledávání v rozsáhlých komplexních databázích</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2012

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

ISSN

0305-1048

e-ISSN

—

Svazek periodika

40

Číslo periodika v rámci svazku

W1

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

"W42"-"W48"

Kód UT WoS článku

000306670900007

EID výsledku v databázi Scopus

—