Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22310%2F11%3A43892044" target="_blank" >RIV/60461373:22310/11:43892044 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-21260-4_8" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-21260-4_8</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-21260-4_8" target="_blank" >10.1007/978-3-642-21260-4_8</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The recent interest in function of various RNA structures, reflected in the growth of solved RNA structures in PDB, calls for methods for effective and efficient similarity search in RNA structural databases. Here, we propose a method called textbf{SETTER} (RNA textbf{SE}condary stextbf{T}ructure-based textbf{TER}tiary structure similarity) based on partitioning of RNA structures into so-called generalized secondary structure units (GSSU). We introduce a fast similarity method exploiting RMSD-basedalgorithm allowing to assess distance to a pair of GSSU, and a method for aggregating these partial distances into a final distance corresponding to structural similarity of the examined RNA structures. Our algorithm yields not only the distance but alsoa superposition allowing to visualize the structural similarity. Comparative experiments show that our proposed method is competitive with the best existing solutions, both in terms of effectiveness and efficiency.

  • Název v anglickém jazyce

    SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm

  • Popis výsledku anglicky

    The recent interest in function of various RNA structures, reflected in the growth of solved RNA structures in PDB, calls for methods for effective and efficient similarity search in RNA structural databases. Here, we propose a method called textbf{SETTER} (RNA textbf{SE}condary stextbf{T}ructure-based textbf{TER}tiary structure similarity) based on partitioning of RNA structures into so-called generalized secondary structure units (GSSU). We introduce a fast similarity method exploiting RMSD-basedalgorithm allowing to assess distance to a pair of GSSU, and a method for aggregating these partial distances into a final distance corresponding to structural similarity of the examined RNA structures. Our algorithm yields not only the distance but alsoa superposition allowing to visualize the structural similarity. Comparative experiments show that our proposed method is competitive with the best existing solutions, both in terms of effectiveness and efficiency.

Klasifikace

  • Druh

    D - Stať ve sborníku

  • CEP obor

    IN - Informatika

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2011

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název statě ve sborníku

    ISBRA'11 Proceedings of the 7th international conference on Bioinformatics research and applications

  • ISBN

    978-3-642-21259-8

  • ISSN

    0302-9743

  • e-ISSN

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    37-48

  • Název nakladatele

    SPRINGER

  • Místo vydání

    Berlin

  • Místo konání akce

    Changsha, China

  • Datum konání akce

    27. 5. 2011

  • Typ akce podle státní příslušnosti

    WRD - Celosvětová akce

  • Kód UT WoS článku

    000296688700008