Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F06%3A00016082" target="_blank" >RIV/00216224:14110/06:00016082 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.
Popis výsledku v původním jazyce
Cíl: Cílem práce bylo amplifikovat heterologní oblasti genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoan D zjištěné metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a přispět tak k získání kompletní genomové sekvence původce yaws. Metodou přímého sekvenováníPCR produktů jsme vyšetřili 68 z 82 heterologních oblastí a nalezli jsme sekvenční změny charakteru jednonukleotidových záměn a krátkých delecí a inzercí. U oblastí delších, kde je nutno používat pro sekvenování také interní primery, dochází často k situaci, že primery nenasedají, neboť v jejich komplementárním místě je sekvenční změna oproti kmeni Nichols. Sekvenční rozdíly zjištěné DDT sekvenováním heterologních úseků budou použity pro dokončení kompletní genomové sekvence kmene Samoan D.
Název v anglickém jazyce
Sequencing of the genome of T. pallidum subsp. pertenue strain Samoa D
Popis výsledku anglicky
Treponema pallidum ssp. pallidum (TPA), the causative agent of syphilis, and T. pallidum ssp. pertenue (TPE), the causative agent of yaws (Antal et al. 2002), have closely related genomes but cause distinct infections. Syphilis is a sexually transmitteddisease while yaws is a tropical skin disease transmitted by contact. Classical molecular methods of nucleic acid comparisons showed identity of these genomes higher than 95%. Comparative Genome Sequencing (CGS, Alberts et al. 2005) was performed. The approach is based on oligonucleotide chip hybridization of tested and reference strain chromosomal DNA. In TPE Samoa D strain genome over 900 SNPs were identified when compared to Nichols strain and additional 80 heterologous regions were discovered. Heterologous regions contain clusters of SNPs and short indels and have to be DDT sequenced. The aim of this work was partial confirmation of SNP list output of CGS and DDT completion of genome sequence of yaws spirochete.
Klasifikace
Druh
O - Ostatní výsledky
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2006
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů