Analysis of Treponema pallidum Strains From China Using Improved Methods for Whole-Genome Sequencing From Primary Syphilis Chancres
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F21%3A00119144" target="_blank" >RIV/00216224:14110/21:00119144 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://academic.oup.com/jid/article-abstract/223/5/848/5876405?redirectedFrom=fulltext" target="_blank" >https://academic.oup.com/jid/article-abstract/223/5/848/5876405?redirectedFrom=fulltext</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/infdis/jiaa449" target="_blank" >10.1093/infdis/jiaa449</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Analysis of Treponema pallidum Strains From China Using Improved Methods for Whole-Genome Sequencing From Primary Syphilis Chancres
Popis výsledku v původním jazyce
Background. Whole-genome sequencing (WGS) of lreponema pallidum subspecies pallidum (TPA) has been constrained by the lack of in vitro cultivation methods for isolating spirochetes from patient samples. Methods. We built upon recently developed enrichment methods to sequence TPA directly from primary syphilis chancre swabs collected in Guangzhou, China. Results. By combining parallel, pooled whole-genome amplification with hybrid selection, we generated high-quality genomes from 4 of 8 chancre-swab samples and 2 of 2 rabbit-passaged isolates, all subjected to challenging storage conditions. Conclusions. This approach enabled the first WGS of Chinese samples without rabbit passage and provided insights into TPA genetic diversity in China.
Název v anglickém jazyce
Analysis of Treponema pallidum Strains From China Using Improved Methods for Whole-Genome Sequencing From Primary Syphilis Chancres
Popis výsledku anglicky
Background. Whole-genome sequencing (WGS) of lreponema pallidum subspecies pallidum (TPA) has been constrained by the lack of in vitro cultivation methods for isolating spirochetes from patient samples. Methods. We built upon recently developed enrichment methods to sequence TPA directly from primary syphilis chancre swabs collected in Guangzhou, China. Results. By combining parallel, pooled whole-genome amplification with hybrid selection, we generated high-quality genomes from 4 of 8 chancre-swab samples and 2 of 2 rabbit-passaged isolates, all subjected to challenging storage conditions. Conclusions. This approach enabled the first WGS of Chinese samples without rabbit passage and provided insights into TPA genetic diversity in China.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10606 - Microbiology
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA17-25455S" target="_blank" >GA17-25455S: Studium genomů patogenních treponem na základě analýzy jednotlivých buněk</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2021
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
The Journal of Infectious Diseases
ISSN
0022-1899
e-ISSN
1537-6613
Svazek periodika
223
Číslo periodika v rámci svazku
5
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
848-853
Kód UT WoS článku
000648907800016
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85100509345