Structure And Dynamics Of RNA K-Turn Motifs

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F03%3A00009270" target="_blank" >RIV/00216224:14310/03:00009270 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Structure And Dynamics Of RNA K-Turn Motifs

Popis výsledku v původním jazyce

Hinge-like RNA motifs occur at conserved positions in the 16S and 23S ribosomal RNAs, as revealed by x-ray crystallography of the 50S subunits of H. marismortui and D. radiodurans and the 30S subunit of T. thermophilus. The conformation of these asymmetric internal loops, called Kink-turns or K-turns, produces sharp, 120-degree bends in both phosphodiester backbones resulting in a V-shaped structure with an acute angle of ca.60 deg. between the RNA helices flanking the motif. In addition, some K-turns are specific binding sites for ribosomal proteins and take part in RNA-RNA tertiary interactions. We have carried out a set of explicit-solvent Molecular Dynamics (MD) simulations for selected K-turn motifs, including K-turn 38, and K-turn 42, and K-turn58 from the 23S ribosomal RNA of Haloarcula marismortui. The simulations reveal an unprecedented dynamical flexibility of the K-turns,indicating that these motifs function as very flexible internal loops linking rigid helix stems and capa

Název v anglickém jazyce

Structure And Dynamics Of RNA K-Turn Motifs

Popis výsledku anglicky

Hinge-like RNA motifs occur at conserved positions in the 16S and 23S ribosomal RNAs, as revealed by x-ray crystallography of the 50S subunits of H. marismortui and D. radiodurans and the 30S subunit of T. thermophilus. The conformation of these asymmetric internal loops, called Kink-turns or K-turns, produces sharp, 120-degree bends in both phosphodiester backbones resulting in a V-shaped structure with an acute angle of ca.60 deg. between the RNA helices flanking the motif. In addition, some K-turns are specific binding sites for ribosomal proteins and take part in RNA-RNA tertiary interactions. We have carried out a set of explicit-solvent Molecular Dynamics (MD) simulations for selected K-turn motifs, including K-turn 38, and K-turn 42, and K-turn58 from the 23S ribosomal RNA of Haloarcula marismortui. The simulations reveal an unprecedented dynamical flexibility of the K-turns,indicating that these motifs function as very flexible internal loops linking rigid helix stems and capa

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LN00A016" target="_blank" >LN00A016: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2003

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Workshop on Modeling Interactions in Biomolecules : Programme and Book of Abstract

ISBN

—

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

1

Strana od-do

41-41

Název nakladatele

Praha

Místo vydání

Praha

Místo konání akce

Nove Hrady

Datum konání akce

15. 9. 2003

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—