Dynamika RNA Kink-turnov: uloha molekul vody

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F04%3A00010007" target="_blank" >RIV/00216224:14310/04:00010007 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Dynamics of RNA Kink-turns: Role of water molecules

Popis výsledku v původním jazyce

Hinge-like RNA motifs called kink-turns occur at conserved positions in the 16S and 23S ribosomal RNAs.The presence of K-turns at key functional sites in the ribosome suggests that they confer flexibility to RNA protuberances that regulate the traversalof tRNAs from one binding site to another across the interface between the small and large subunit during protein synthesis cycle. We have carried out a set of explicit-solvent Molecular Dynamics (MD) simulations for selected K-turn motifs. The simulations indicate that K-turns are dynamically flexible, and thus capable of regulating significant inter-segmental motions. The simulations reveal specific long-residency hydration sites and monovalent counterions that stabilize non-Watson-Crick basepairs, sharp turns of the phosphodiester backbone and even mediate inter-segmental contacts. The implications for ribosome function will be discussed.

Název v anglickém jazyce

Dynamics of RNA Kink-turns: Role of water molecules

Popis výsledku anglicky

Hinge-like RNA motifs called kink-turns occur at conserved positions in the 16S and 23S ribosomal RNAs.The presence of K-turns at key functional sites in the ribosome suggests that they confer flexibility to RNA protuberances that regulate the traversalof tRNAs from one binding site to another across the interface between the small and large subunit during protein synthesis cycle. We have carried out a set of explicit-solvent Molecular Dynamics (MD) simulations for selected K-turn motifs. The simulations indicate that K-turns are dynamically flexible, and thus capable of regulating significant inter-segmental motions. The simulations reveal specific long-residency hydration sites and monovalent counterions that stabilize non-Watson-Crick basepairs, sharp turns of the phosphodiester backbone and even mediate inter-segmental contacts. The implications for ribosome function will be discussed.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LN00A016" target="_blank" >LN00A016: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2004

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

American Chemical Society Division of Computers in Chemistry - Abstracts

ISBN

—

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

1

Strana od-do

10

Název nakladatele

American Chemical Society

Místo vydání

Washington

Místo konání akce

Anaheim, California, USA

Datum konání akce

28. 3. 2004

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—