DECIPHERING THE SUGAR PREFERENCE RULES - COMPUTER-ASSISTED PROTEIN ENGINEERING OF BACTERIAL LECTIN PA-IIL
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F08%3A00025002" target="_blank" >RIV/00216224:14310/08:00025002 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
DECIPHERING THE SUGAR PREFERENCE RULES - COMPUTER-ASSISTED PROTEIN ENGINEERING OF BACTERIAL LECTIN PA-IIL
Popis výsledku v původním jazyce
Lectin-saccharide interaction is a major player in the process of cell recognition. The study is focused on bacterial lectins responsible for virulence of the source bacteria, and developing a reliable in silico method capable of predicting the changes in binding behaviour, identifying promising directions leading to desired preference changes, reducing the time and cost related to performing the task in vitro. In silico mutagenesis (MODELLER/TRITON) was used to create mutant files and molecular docking(AUTODOCK/TRITON, DOCK/Chimera) to find the best binding orientations of lectins and saccharides. Molecular dynamics using AMBER software package was used to simulate physiological conditions more precisely, to further optimize the results and to evaluate the energetic properties. A comparison of experimental and computed values proved that the in silico method is able to correctly model the interaction and the preference changes in regard to mutations in the binding site. The study was
Název v anglickém jazyce
DECIPHERING THE SUGAR PREFERENCE RULES - COMPUTER-ASSISTED PROTEIN ENGINEERING OF BACTERIAL LECTIN PA-IIL
Popis výsledku anglicky
Lectin-saccharide interaction is a major player in the process of cell recognition. The study is focused on bacterial lectins responsible for virulence of the source bacteria, and developing a reliable in silico method capable of predicting the changes in binding behaviour, identifying promising directions leading to desired preference changes, reducing the time and cost related to performing the task in vitro. In silico mutagenesis (MODELLER/TRITON) was used to create mutant files and molecular docking(AUTODOCK/TRITON, DOCK/Chimera) to find the best binding orientations of lectins and saccharides. Molecular dynamics using AMBER software package was used to simulate physiological conditions more precisely, to further optimize the results and to evaluate the energetic properties. A comparison of experimental and computed values proved that the in silico method is able to correctly model the interaction and the preference changes in regard to mutations in the binding site. The study was
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2008
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
33rd FEBS Congress and 11th IUBMB Conference
ISBN
—
ISSN
1742-464X
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
1
Strana od-do
—
Název nakladatele
BLACKWELL PUBLISHING
Místo vydání
OXFORD
Místo konání akce
Athens
Datum konání akce
28. 6. 2008
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
000256633300521