Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

DECIPHERING THE SUGAR PREFERENCE RULES - COMPUTER-ASSISTED PROTEIN ENGINEERING OF BACTERIAL LECTIN PA-IIL

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F08%3A00025002" target="_blank" >RIV/00216224:14310/08:00025002 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    DECIPHERING THE SUGAR PREFERENCE RULES - COMPUTER-ASSISTED PROTEIN ENGINEERING OF BACTERIAL LECTIN PA-IIL

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Lectin-saccharide interaction is a major player in the process of cell recognition. The study is focused on bacterial lectins responsible for virulence of the source bacteria, and developing a reliable in silico method capable of predicting the changes in binding behaviour, identifying promising directions leading to desired preference changes, reducing the time and cost related to performing the task in vitro. In silico mutagenesis (MODELLER/TRITON) was used to create mutant files and molecular docking(AUTODOCK/TRITON, DOCK/Chimera) to find the best binding orientations of lectins and saccharides. Molecular dynamics using AMBER software package was used to simulate physiological conditions more precisely, to further optimize the results and to evaluate the energetic properties. A comparison of experimental and computed values proved that the in silico method is able to correctly model the interaction and the preference changes in regard to mutations in the binding site. The study was

  • Název v anglickém jazyce

    DECIPHERING THE SUGAR PREFERENCE RULES - COMPUTER-ASSISTED PROTEIN ENGINEERING OF BACTERIAL LECTIN PA-IIL

  • Popis výsledku anglicky

    Lectin-saccharide interaction is a major player in the process of cell recognition. The study is focused on bacterial lectins responsible for virulence of the source bacteria, and developing a reliable in silico method capable of predicting the changes in binding behaviour, identifying promising directions leading to desired preference changes, reducing the time and cost related to performing the task in vitro. In silico mutagenesis (MODELLER/TRITON) was used to create mutant files and molecular docking(AUTODOCK/TRITON, DOCK/Chimera) to find the best binding orientations of lectins and saccharides. Molecular dynamics using AMBER software package was used to simulate physiological conditions more precisely, to further optimize the results and to evaluate the energetic properties. A comparison of experimental and computed values proved that the in silico method is able to correctly model the interaction and the preference changes in regard to mutations in the binding site. The study was

Klasifikace

  • Druh

    D - Stať ve sborníku

  • CEP obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2008

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název statě ve sborníku

    33rd FEBS Congress and 11th IUBMB Conference

  • ISBN

  • ISSN

    1742-464X

  • e-ISSN

  • Počet stran výsledku

    1

  • Strana od-do

  • Název nakladatele

    BLACKWELL PUBLISHING

  • Místo vydání

    OXFORD

  • Místo konání akce

    Athens

  • Datum konání akce

    28. 6. 2008

  • Typ akce podle státní příslušnosti

    WRD - Celosvětová akce

  • Kód UT WoS článku

    000256633300521