Druhý krok hydrolytické dehalogenace v haloalkan dehalogenáze prováděný metodou QM/MM

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F08%3A00025615" target="_blank" >RIV/00216224:14310/08:00025615 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61989592:15310/08:00005477

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Second Step of Hydrolytic Dehalogenation in Haloalkane Dehalogenase Investigated by QM/MM Methods

Popis výsledku v původním jazyce

We investigate mechanism and energetics of the hydrolytic dehalogenation catalyzed by haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26 by Car-Parrinello (CP) and ONIOM hybrid quantum-mechanical/molecular mechanics (QM/MM) simulations, QMcalculations and classical molecular dynamics. We focus on the second reaction step of the catalytic cycle, which comprises a general base-catalyzed hydrolysis of an ester intermediate to alcohol and free enzyme. In this step, a histidine residue (His272), polarized by glutamate (Glu132), acts as a base, accepting a proton from the catalytic water molecule and transferring it to an alcoholate ion. The reaction proceeds through a metastable tetrahedral intermediate, which shows an easily reversed reaction to the ester intermediate. The overall free energy barrier of the reaction calculated by potential of the mean force integration using CP-QM/MM calculations is equal to 19.5_2 kcal.mol-1. The lowering of the energy barrier of catalyzed

Název v anglickém jazyce

Second Step of Hydrolytic Dehalogenation in Haloalkane Dehalogenase Investigated by QM/MM Methods

Popis výsledku anglicky

We investigate mechanism and energetics of the hydrolytic dehalogenation catalyzed by haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26 by Car-Parrinello (CP) and ONIOM hybrid quantum-mechanical/molecular mechanics (QM/MM) simulations, QMcalculations and classical molecular dynamics. We focus on the second reaction step of the catalytic cycle, which comprises a general base-catalyzed hydrolysis of an ester intermediate to alcohol and free enzyme. In this step, a histidine residue (His272), polarized by glutamate (Glu132), acts as a base, accepting a proton from the catalytic water molecule and transferring it to an alcoholate ion. The reaction proceeds through a metastable tetrahedral intermediate, which shows an easily reversed reaction to the ester intermediate. The overall free energy barrier of the reaction calculated by potential of the mean force integration using CP-QM/MM calculations is equal to 19.5_2 kcal.mol-1. The lowering of the energy barrier of catalyzed

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CE - Biochemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2008

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

ISSN

0887-3585

e-ISSN

—

Svazek periodika

70

Číslo periodika v rámci svazku

000

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000252836300009

EID výsledku v databázi Scopus

—