Multilocus PCR typing strategy for differentiation of Staphylococcus aureus siphoviruses reflecting their modular genome structure

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F10%3A00047719" target="_blank" >RIV/00216224:14310/10:00047719 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Multilocus PCR typing strategy for differentiation of Staphylococcus aureus siphoviruses reflecting their modular genome structure

Popis výsledku v původním jazyce

Given the great biological importance and high diversity of temperate Staphylococcus aureus bacteriophages, a method is needed for the description of their genomic structure. Here we have updated a multiplex PCR strategy for the complex characterizationof S. aureus phages of the family Siphoviridae. Based on the comparative genomic analysis of the available phage sequences, a multilocus PCR strategy for typing the major modules of the phage genome was designed. The genomic modules were classified on the basis of the genes for integrase, anti-repressor, replication proteins, dUTPase, portal protein, tail appendices and endolysin corresponding to main functional modules. The nine PCR assays designed for the above sequences were shown to be capable to identify the bacteriophage gene pool present both in the phage and bacterial genomes and their mosaic structure.

Název v anglickém jazyce

Multilocus PCR typing strategy for differentiation of Staphylococcus aureus siphoviruses reflecting their modular genome structure

Popis výsledku anglicky

Given the great biological importance and high diversity of temperate Staphylococcus aureus bacteriophages, a method is needed for the description of their genomic structure. Here we have updated a multiplex PCR strategy for the complex characterizationof S. aureus phages of the family Siphoviridae. Based on the comparative genomic analysis of the available phage sequences, a multilocus PCR strategy for typing the major modules of the phage genome was designed. The genomic modules were classified on the basis of the genes for integrase, anti-repressor, replication proteins, dUTPase, portal protein, tail appendices and endolysin corresponding to main functional modules. The nine PCR assays designed for the above sequences were shown to be capable to identify the bacteriophage gene pool present both in the phage and bacterial genomes and their mosaic structure.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GA310%2F09%2F0459" target="_blank" >GA310/09/0459: Úloha bakteriofágů v horizontálním přenosu genů virulence a rezistence u Staphylococcus aureus</a><br>

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach<br>R - Projekt Ramcoveho programu EK<br>V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Environmental Microbiology

ISSN

1462-2912

e-ISSN

—

Svazek periodika

12

Číslo periodika v rámci svazku

9

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

12

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000281556900013

EID výsledku v databázi Scopus

—