Do variability and expression level of fish MHC genes play crucial role in parasite load and host immunocompetence?

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F14%3A00074146" target="_blank" >RIV/00216224:14310/14:00074146 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Do variability and expression level of fish MHC genes play crucial role in parasite load and host immunocompetence?

Popis výsledku v původním jazyce

We have confirmed extremely high level of allelic diversity in several fish genera by classical genotyping. We used two basic approaches for this purpose. First, the older, was CE-SSCP (Capillary Electrophoresis-Single Stranded Conformational Polymorphism) of PCR amplicon clones combined with automatic sequencing based on Sanger technology (ABI 3130 Genetic Analyzer). The second, modern, was 454 clonal pyrosequencing of heterozygous amplicons (454 GS FLX platform with Titanium chemistry). Recently, using CFX96 real time PCR system, we test also the expression levels of fish MHC genes (DAB1 and DAB3) by quantitative real-time PCR (qPCR) and we launched a new approach for MHC genes variability tests - high resolution melting analysis (HRM), too. After completing "HRM allele profile database" and finish analyses of qPCR we will be exploring associations with parasite load in chosen Cyprinid species.

Název v anglickém jazyce

Do variability and expression level of fish MHC genes play crucial role in parasite load and host immunocompetence?

Popis výsledku anglicky

We have confirmed extremely high level of allelic diversity in several fish genera by classical genotyping. We used two basic approaches for this purpose. First, the older, was CE-SSCP (Capillary Electrophoresis-Single Stranded Conformational Polymorphism) of PCR amplicon clones combined with automatic sequencing based on Sanger technology (ABI 3130 Genetic Analyzer). The second, modern, was 454 clonal pyrosequencing of heterozygous amplicons (454 GS FLX platform with Titanium chemistry). Recently, using CFX96 real time PCR system, we test also the expression levels of fish MHC genes (DAB1 and DAB3) by quantitative real-time PCR (qPCR) and we launched a new approach for MHC genes variability tests - high resolution melting analysis (HRM), too. After completing "HRM allele profile database" and finish analyses of qPCR we will be exploring associations with parasite load in chosen Cyprinid species.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GBP505%2F12%2FG112" target="_blank" >GBP505/12/G112: ECIP - Evropské centrum ichtyoparazitologie</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

3rd Workshop of European Centre of Ichthyoparasitology

ISBN

9788021074927

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

2

Strana od-do

10-11

Název nakladatele

MUNI Press

Místo vydání

Brno

Místo konání akce

Hotel Skalní mlýn, Blansko

Datum konání akce

1. 1. 2014

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—