Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Water-tryptophan interactions: lone-pair-pi or O-H-pi? Molecular dynamics simulations of beta-galactosidase suggest that both modes can co-exist

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F18%3A00100777" target="_blank" >RIV/00216224:14310/18:00100777 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1002/chem.201705364" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1002/chem.201705364</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1002/chem.201705364" target="_blank" >10.1002/chem.201705364</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Water-tryptophan interactions: lone-pair-pi or O-H-pi? Molecular dynamics simulations of beta-galactosidase suggest that both modes can co-exist

  • Popis výsledku v původním jazyce

    In proteins, the indole side-chain of tryptophan can interact with water molecules either in-plane, forming H-bonds, or out-of-plane, with the water molecule contacting the aromatic pi-face. The latter interaction can be either of the lone-pair---pi (lp---pi) type or correspond to the O-H---pi binding mode, an ambiguity that X-ray structures usually do not resolve. Here we report molecular dynamics (MD) simulations of a solvated beta-galactosidase monomer which illustrate how a water molecule located at the pi-face of an indole side-chain of tryptophan can adapt to the position of proximate residues and "select" its binding mode. In one such site, the water molecule is predicted to rapidly oscillate between the O-H---pi and lp---pi binding modes, gaining thus entropic advantage. Our MD simulations provide support for the role of lp---pi interactions in the stabilization of protein structures.

  • Název v anglickém jazyce

    Water-tryptophan interactions: lone-pair-pi or O-H-pi? Molecular dynamics simulations of beta-galactosidase suggest that both modes can co-exist

  • Popis výsledku anglicky

    In proteins, the indole side-chain of tryptophan can interact with water molecules either in-plane, forming H-bonds, or out-of-plane, with the water molecule contacting the aromatic pi-face. The latter interaction can be either of the lone-pair---pi (lp---pi) type or correspond to the O-H---pi binding mode, an ambiguity that X-ray structures usually do not resolve. Here we report molecular dynamics (MD) simulations of a solvated beta-galactosidase monomer which illustrate how a water molecule located at the pi-face of an indole side-chain of tryptophan can adapt to the position of proximate residues and "select" its binding mode. In one such site, the water molecule is predicted to rapidly oscillate between the O-H---pi and lp---pi binding modes, gaining thus entropic advantage. Our MD simulations provide support for the role of lp---pi interactions in the stabilization of protein structures.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10403 - Physical chemistry

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2018

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Chemistry - A European Journal

  • ISSN

    0947-6539

  • e-ISSN

    1521-3765

  • Svazek periodika

    24

  • Číslo periodika v rámci svazku

    22

  • Stát vydavatele periodika

    DE - Spolková republika Německo

  • Počet stran výsledku

    11

  • Strana od-do

    5849-5859

  • Kód UT WoS článku

    000430168500021

  • EID výsledku v databázi Scopus