Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Recognition of non-canonical DNA structures in genomic DNA sequences by p53 proteins

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F09%3A00048866" target="_blank" >RIV/00216224:14330/09:00048866 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Recognition of non-canonical DNA structures in genomic DNA sequences by p53 proteins

  • Popis výsledku v původním jazyce

    In our analyses we combined molecular and computational approaches to understand the mutant p53 function in specific gene regulation via binding to non-canonical DNA structures in chromatin DNA. We used two glioblastoma cell lines U251 (R273H) and Onda11(R273C) expressing endogenous mutp53 proteins to isolate natural mutant p53 binding sites (mutp53BS) by genome- wide ChIP-cloning. In our computational work, we developed tools for rapid identification of DNA sequences (among the isolated mutp53BS) tending to form non-B structures (hairpins and triplex DNA) as well as for mapping their genomic locations. These sites are frequently localized in the regulatory first introns of genes and are enriched in repetitive elements. Potential to form triplex and cruciform structures was predicted by developed computational tools and detected by enzymatic and chemical probing.

  • Název v anglickém jazyce

    Recognition of non-canonical DNA structures in genomic DNA sequences by p53 proteins

  • Popis výsledku anglicky

    In our analyses we combined molecular and computational approaches to understand the mutant p53 function in specific gene regulation via binding to non-canonical DNA structures in chromatin DNA. We used two glioblastoma cell lines U251 (R273H) and Onda11(R273C) expressing endogenous mutp53 proteins to isolate natural mutant p53 binding sites (mutp53BS) by genome- wide ChIP-cloning. In our computational work, we developed tools for rapid identification of DNA sequences (among the isolated mutp53BS) tending to form non-B structures (hairpins and triplex DNA) as well as for mapping their genomic locations. These sites are frequently localized in the regulatory first introns of genes and are enriched in repetitive elements. Potential to form triplex and cruciform structures was predicted by developed computational tools and detected by enzymatic and chemical probing.

Klasifikace

  • Druh

    O - Ostatní výsledky

  • CEP obor

    EB - Genetika a molekulární biologie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA204%2F08%2F1560" target="_blank" >GA204/08/1560: Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v genomové DNA</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2009

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů