Computation of Dynamic Channels in Proteins

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F11%3A00049804" target="_blank" >RIV/00216224:14330/11:00049804 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Computation of Dynamic Channels in Proteins

Popis výsledku v původním jazyce

In this paper, we propose a new method which considers the movement of a protein molecule as a whole for the computation of so called dynamic channels in a molecular dynamics trajectory. The method is based on maximizing the information about the empty space over time and is built on basic computational geometry principles. The dynamic channels highlight pulsing and flexible parts of the molecule. It is believed that such parts allow a ligand to pass into or out from the active site. The method was tested on real protein data and the results indicate that it presents new information about the molecule.

Název v anglickém jazyce

Computation of Dynamic Channels in Proteins

Popis výsledku anglicky

In this paper, we propose a new method which considers the movement of a protein molecule as a whole for the computation of so called dynamic channels in a molecular dynamics trajectory. The method is based on maximizing the information about the empty space over time and is built on basic computational geometry principles. The dynamic channels highlight pulsing and flexible parts of the molecule. It is believed that such parts allow a ligand to pass into or out from the active site. The method was tested on real protein data and the results indicate that it presents new information about the molecule.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2011

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of Biotechno

ISBN

978-1-61208-137-3

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

78-83

Název nakladatele

Neuveden

Místo vydání

Venice/Mestre, Italy

Místo konání akce

Venice/Mestre, Italy

Datum konání akce

1. 1. 2011

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—