Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F14%3A00077524" target="_blank" >RIV/00216224:14330/14:00077524 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216305:26230/15:PU116955 RIV/68081707:_____/14:00495802
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-15-1032" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-15-1032</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-15-1032" target="_blank" >10.1186/1471-2164-15-1032</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements
Popis výsledku v původním jazyce
BACKGROUND:Transposable elements form a significant proportion of eukaryotic genomes. Recently, Lexa et al (Nucleic Acids Res 42:968-978, 2014) reported that plant long terminal repeat (LTR) retrotransposons often contain potential quadruplex sequences (PQSs) in their LTRs and experimentally confirmed their ability to adopt four-stranded DNA conformations.RESULTS:Here, we searched for PQSs in human retrotransposons and found that PQSs are specifically localized in the 3'-UTR of LINE-1 elements, in LTRsof HERV elements and are strongly accumulated in specific regions of SVA elements. Circular dichroism spectroscopy confirmed that most PQSs had adopted monomolecular or bimolecular guanine quadruplex structures. Evolutionarily young SVA elements contained more PQSs than older elements and their propensity to form quadruplex DNA was higher.
Název v anglickém jazyce
Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements
Popis výsledku anglicky
BACKGROUND:Transposable elements form a significant proportion of eukaryotic genomes. Recently, Lexa et al (Nucleic Acids Res 42:968-978, 2014) reported that plant long terminal repeat (LTR) retrotransposons often contain potential quadruplex sequences (PQSs) in their LTRs and experimentally confirmed their ability to adopt four-stranded DNA conformations.RESULTS:Here, we searched for PQSs in human retrotransposons and found that PQSs are specifically localized in the 3'-UTR of LINE-1 elements, in LTRsof HERV elements and are strongly accumulated in specific regions of SVA elements. Circular dichroism spectroscopy confirmed that most PQSs had adopted monomolecular or bimolecular guanine quadruplex structures. Evolutionarily young SVA elements contained more PQSs than older elements and their propensity to form quadruplex DNA was higher.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2015
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
BMC Genomics
ISSN
1471-2164
e-ISSN
—
Svazek periodika
15
Číslo periodika v rámci svazku
1
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
1032
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—