Unfolding of Parametric Boolean Networks
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F18%3A00100911" target="_blank" >RIV/00216224:14330/18:00100911 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2018.03.009" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2018.03.009</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2018.03.009" target="_blank" >10.1016/j.entcs.2018.03.009</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Unfolding of Parametric Boolean Networks
Popis výsledku v původním jazyce
In systems biology, models of cellular regulatory processes such as gene regulatory networks or signalling pathways are crucial to understanding the behaviour of living cells. Available biological data are however often insufficient for full model specification. In this paper, we focus on partially specified models where the missing information is abstracted in the form of parameters. We introduce a novel approach to analysis of parametric logical regulatory networks addressing both sources of combinatoric explosion native to the model. First, we introduce a new compact representation of admissible parameters using Boolean lattices. Then, we define the unfolding of parametric Boolean networks. The resulting structure provides a partial-order reduction of concurrent transitions, and factorises the common transitions among the concrete models. A comparison is performed against state-of-the-art approaches to parametric model analysis
Název v anglickém jazyce
Unfolding of Parametric Boolean Networks
Popis výsledku anglicky
In systems biology, models of cellular regulatory processes such as gene regulatory networks or signalling pathways are crucial to understanding the behaviour of living cells. Available biological data are however often insufficient for full model specification. In this paper, we focus on partially specified models where the missing information is abstracted in the form of parameters. We introduce a novel approach to analysis of parametric logical regulatory networks addressing both sources of combinatoric explosion native to the model. First, we introduce a new compact representation of admissible parameters using Boolean lattices. Then, we define the unfolding of parametric Boolean networks. The resulting structure provides a partial-order reduction of concurrent transitions, and factorises the common transitions among the concrete models. A comparison is performed against state-of-the-art approaches to parametric model analysis
Klasifikace
Druh
J<sub>SC</sub> - Článek v periodiku v databázi SCOPUS
CEP obor
—
OECD FORD obor
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA15-11089S" target="_blank" >GA15-11089S: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2018
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Electronic Notes in Theoretical Computer Science
ISSN
1571-0661
e-ISSN
—
Svazek periodika
335
Číslo periodika v rámci svazku
Duben 2018
Stát vydavatele periodika
NL - Nizozemsko
Počet stran výsledku
24
Strana od-do
67-90
Kód UT WoS článku
000430334800005
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85045239193