Computational prediction of monosaccharide binding free energies to lectins with linear interaction energy models

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F12%3A00057516" target="_blank" >RIV/00216224:14740/12:00057516 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23081/abstract" target="_blank" >http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23081/abstract</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23081" target="_blank" >10.1002/jcc.23081</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Computational prediction of monosaccharide binding free energies to lectins with linear interaction energy models

Popis výsledku v původním jazyce

The linear interaction energy (LIE) method to compute binding free energies is applied to lectin-monosaccharide complexes. Here, we calculate the binding free energies of monosaccharides to the Ralstonia solanacearum lectin (RSL) and the Pseudomonas aeruginosa lectin-II (PA-IIL). The standard LIE model performs very well for RSL, whereas the PA-IIL system, where ligand binding involves two calcium ions, presents a major challenge. To overcome this, we explore a new variant of the LIE model, where ligand?metal ion interactions are scaled separately. This model also predicts the saccharide binding preference of PA-IIL on mutation of the receptor, which may be useful for protein engineering of lectins.

Název v anglickém jazyce

Computational prediction of monosaccharide binding free energies to lectins with linear interaction energy models

Popis výsledku anglicky

The linear interaction energy (LIE) method to compute binding free energies is applied to lectin-monosaccharide complexes. Here, we calculate the binding free energies of monosaccharides to the Ralstonia solanacearum lectin (RSL) and the Pseudomonas aeruginosa lectin-II (PA-IIL). The standard LIE model performs very well for RSL, whereas the PA-IIL system, where ligand binding involves two calcium ions, presents a major challenge. To overcome this, we explore a new variant of the LIE model, where ligand?metal ion interactions are scaled separately. This model also predicts the saccharide binding preference of PA-IIL on mutation of the receptor, which may be useful for protein engineering of lectins.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2012

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Computational Chemistry

ISSN

0192-8651

e-ISSN

—

Svazek periodika

33

Číslo periodika v rámci svazku

29

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

2340-2350

Kód UT WoS článku

000309190800007

EID výsledku v databázi Scopus

—