muABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F14%3A00077975" target="_blank" >RIV/00216224:14740/14:00077975 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/14:00442075 RIV/61388963:_____/14:00442075

Výsledek na webu

<a href="http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2014/09/26/nar.gku855.full" target="_blank" >http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2014/09/26/nar.gku855.full</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku855" target="_blank" >10.1093/nar/gku855</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

muABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA

Popis výsledku v původním jazyce

We present the results of microsecond molecular dynamics simulations carried out by the ABC group of laboratories on a set of B-DNA oligomers containing the 136 distinct tetranucleotide base sequences. We demonstrate that the resulting trajectories haveextensively sampled the conformational space accessible to B-DNA at room temperature. We confirm that base sequence effects depend strongly not only on the specific base pair step, but also on the specific base pairs that flank each step. Beyond sequenceeffects on average helical parameters and conformational fluctuations, we also identify tetranucleotide sequences that oscillate between several distinct conformational substates. By analyzing the conformation of the phosphodiester backbones, it is possible to understand for which sequences these substates will arise, and what impact they will have on specific helical parameters.

Název v anglickém jazyce

muABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA

Popis výsledku anglicky

We present the results of microsecond molecular dynamics simulations carried out by the ABC group of laboratories on a set of B-DNA oligomers containing the 136 distinct tetranucleotide base sequences. We demonstrate that the resulting trajectories haveextensively sampled the conformational space accessible to B-DNA at room temperature. We confirm that base sequence effects depend strongly not only on the specific base pair step, but also on the specific base pairs that flank each step. Beyond sequenceeffects on average helical parameters and conformational fluctuations, we also identify tetranucleotide sequences that oscillate between several distinct conformational substates. By analyzing the conformation of the phosphodiester backbones, it is possible to understand for which sequences these substates will arise, and what impact they will have on specific helical parameters.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Nucleic Acids Research

ISSN

0305-1048

e-ISSN

—

Svazek periodika

42

Číslo periodika v rámci svazku

19

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

12

Strana od-do

12272-12283

Kód UT WoS článku

000347689500044

EID výsledku v databázi Scopus

—